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我真的很喜欢这个网络的样子：

在此处输入图像描述

来源：https ://christophergandrud.github.io/networkD3/

每个扇区有多种颜色，其中每种颜色代表网络中与其他节点相距足够远的节点的某些不同部分。

但是，在任何一个特定部门中，我不喜欢src节点与节点的颜色相同target，所以我问了一个问题（https://stackoverflow.com/a/35371131/3878253）如何区分两种颜色。

现在有没有一种方法可以扩展此代码以恢复多种配色方案（以区分各个部门），同时保留颜色的漂亮src/target差异？这是代码：

# Load package
library(networkD3)
library(dplyr) # to make the joins easier

# Create fake data
src <- c("A", "A", "A", "A",
         "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J",
            "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE)

nodes <- data.frame(name = unique(c(src, target)), stringsAsFactors = FALSE)
nodes$id <- 0:(nrow(nodes) - 1)


# create a data frame of the edges that uses id 0:9 instead of their names
edges <- networkData %>%
   left_join(nodes, by = c("src" = "name")) %>%
   select(-src) %>%
   rename(source = id) %>%
   left_join(nodes, by = c("target" = "name")) %>%
   select(-target) %>%
   rename(target = id)

edges$width <- 1

# make a grouping variable that will match to colours
nodes$group <- ifelse(nodes$name %in% src, "lions", "tigers")


ColourScale <- 'd3.scaleOrdinal()
            .domain(["lions", "tigers"])
           .range(["#FF6900", "#694489"]);'

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale))
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2 回答 2

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在重新阅读您的问题和回复后，我认为您真正想知道的是......如何将您的数据分组。定义集群后，您可以将nodes数据框中每个节点的组值设置为其集群的名称/ID，然后networkD3相应地为它们着色。

进一步了解您的问题，尚不清楚您希望如何同时组合“不同颜色源节点和目标节点”和“根据集群颜色节点”......这些目标显然是冲突的，因为集群同时包含源节点和目标节点。您的问题的另一个问题是，在这些类型的网络中，一个节点可能既是源节点又是目标节点，因此您必须更清楚地了解如何为它们着色。我可以假设您将“目标”节点定义为仅链接到另一个节点的节点（从技术上讲，节点是源还是目标取决于节点之间链接的方向），但这不是一定是这种情况（我可以想象你可能有其他解释）。

要进行聚类，您需要查看igraph包及其众多聚类功能。例如...

使用 中包含的悲惨世界数据networkD3，让我们回溯，直到我们只有一个包含源字符和目标字符的两列数据框...

library(igraph)
library(networkD3)

data(MisLinks)
data(MisNodes)

lesmis <- data.frame(source = MisNodes$name[MisLinks$source + 1], 
                     target = MisNodes$name[MisLinks$target + 1],
                     stringsAsFactors = F)

现在，您可以使用它igraph来计算集群，然后将它们重新组合在一起以绘制networkD3...

lesmis <- graph_from_data_frame(lesmis)
wc <- cluster_walktrap(lesmis)
members <- membership(wc)

lesmis <- igraph_to_networkD3(lesmis, group = members)

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)

现在，如果您想让“目标”节点（只有一个链接的节点）也具有不同的颜色，您可以找出哪些节点仅在源和目标列表中出现一次，并将它们在nodes数据框中的组值设置为一些独特的东西...

allnodes <- c(lesmis$links$source, lesmis$links$target)
targetids <- allnodes[!duplicated(allnodes) & ! duplicated(allnodes, fromLast = T)]
lesmis$nodes$group[targetids + 1] <- 'target'

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)
于 2017-07-20T11:32:35.733 回答
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数据框中的group列决定了颜色。Nodes您可以设置group每个节点的值（手动或其他方式），并networkD3根据调色板为每组节点着色。

例如...

edges <- read.table(header = T, text = '
source target width
0      1     1
0      2     1
0      3     1
0      4     1
1      5     1
1      6     1
2      7     1
2      8     1
3      9     1
')

nodes <- read.table(header = T, text = '
name id  group
A    0   panther
B    1   leopard
C    2   tiger
D    3   lion
J    4   panthercub
E    5   leopardcub
F    6   leopardcub
G    7   tigercub
H    8   tigercub
I    9   lioncub
')

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS("d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);"))
于 2017-07-19T07:44:38.283 回答