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如果有任何模块可以让我在 Julia 中导入图形（网络），现在有人吗？

使用 Python 时，我使用了 graph-tool 包，它对我很有帮助！我有 .gt 文件格式的图表。我可以在 Julia 中使用任何模块，以便在那里导入它们吗？

我搜索了 LightGraphs 和 Junet，它们是相当新的，但似乎在文档中看不到任何“导入”部分。

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最直接的解决方案是将gt文件转换graphml为与 LightGraphs 兼容的格式，并且是graph-tool 推荐的替代格式。

假设您有一个过去由以下 python 代码生成的“.gt”文件：

from graph_tool.all import *
g = Graph()
v1 = g.add_vertex()
v2 = g.add_vertex()
e = g.add_edge(v1,v2)
g.save('g.gt')

启动一个新的 python 会话，并从 "gt" 转换为 "graphml" 格式：

import graph_tool as gt
g = gt.Graph()
g.load('g.gt')
g.save('g.xml.gz')

然后，在 julia 中，使用LightGraphs包GraphIO从 GraphML 文件中加载：

using LightGraphs, GraphIO
D = loadgraphs("g.xml.gz", GraphMLFormat())
#> Dict{String,LightGraphs.AbstractGraph} with 1 entry:
#   "G" => {2, 1} directed simple Int64 graph

如果您想PyCall直接从 julia 内部（即在脚本中）执行转换，方法如下：

using PyCall
@pyimport graph_tool as gt
G = gt.Graph()
G[:load]("g.gt")
G[:save]("g.xml.gz")

（请注意，这意味着您的机器上已经安装了 python 和图形工具库，并且可以从 julia 访问）。

从理论上讲，如果您更喜欢图形工具并且您习惯了它的语法并希望继续直接使用.gt文件格式，您可以通过 PyCall 在 julia 中使用它，如上所述。不过，这是否比迁移到专为 julia 设计的 LightGraphs 更可取是另一回事。这是你的电话:)

PS。来自利明顿的问候，利明顿人！

于 2017-07-10T18:49:18.970 回答
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LightGraphs 的图形导入现在位于GraphIO.jl中。目前支持的导入格式包括

  • GML
  • 图6
  • GEXF
  • GraphML
  • 帕杰克网
  • 点

更多格式即将推出。

于 2017-07-10T17:52:40.123 回答