0

我试图自己解决另一个 Rosalind( http://rosalind.info/problems/lexv/ ) 问题，但不幸的是我不得不向你寻求帮助。

这是我的方法：

首先; 创建长度为 n 的输入字符串的所有可能子字符串的函数：

def get_substrings(input_string, l):
res_list = []
sub = []
for i in range(len(input_string)):
    if l+i <= len(input_string):
        for j in range(i,l+i):
            sub.append(input_string[j])
    sub = ''.join(sub)
    res_list.append(sub)
    sub = []
res_list = filter(None, res_list)
return res_list

然后是创建具有不同长度的当前字符串的所有组合的主函数：

from itertools import product
def lexv():
dna = str(raw_input())
n = int(raw_input())
subs = get_substrings(dna, n)
result = []
for i in range(len(subs)):
    for j in range(1,n+1):
        result = result + list(product(dna, repeat=j))
for i in range(len(result)):
     result[i]  = "".join(result[i])
     print result[i]

我对来自 Rosalind 的“示例输入”的数据的代码的结果是：

D
N
A
DD
DN
DA
ND
NN
NA
AD
AN
AA
DDD
DDN
DDA
DND
DNN
DNA
DAD
DAN
DAA
NDD
NDN
NDA
NND
NNN
NNA
NAD
NAN
NAA
ADD
ADN
ADA
AND
ANN
ANA
AAD
AAN
AAA

我的问题：

a) 是否可以按原样订购我的结果（Rosalind 的结果）？

b) 我的方法正确吗？如果没有，你能给我一些线索（但不是这个问题的解决方案——我想自己解决）。

很感谢！

4

1 回答 1

2

生成可能的子串

对于可能的子字符串的生成，我会更深入地研究itertools模块。和你可以很容易chain地product制作一个返回所有组合的单行

排序

对于排序，我会用ints 替换字母本身，将这个翻译表保存在 a 中dict。enumerate并且str.split是你这里的朋友。

现在您有一个整数元组列表，您可以对其进行排序。据我所知，元组的标准排序顺序很有用。

当您有一个排序的元组列表时，您只需要向后转换为字符串

排序（键=）

另一种选择是使用标准字符串排序，并作为 的key=参数sorted，传递一个函数（或 lambda），将字符串中的每个字母替换为它在字母表中的位置（input_string）

这可以通过str.translate,enumerate和dict理解来完成

于 2017-06-23T13:26:32.237 回答