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我很难弄清楚这一点。在这种情况下,我想模块加载一个对齐器-“蝴蝶结”。以下是我拥有的代码片段:

import subprocess
moduleCmd=['module', 'load','/modules/ogi-mbc/software/bowtie/bowtie2-2.2.4/bowtie2']
subprocess.Popen(moduleCmd,shell=True)

当我运行我的脚本时,我收到以下消息:

cmdModule.c(166):ERROR:11: Usage is 'module command  [arguments ...]

Modules Release 3.2.10 2012-12-21 (Copyright GNU GPL v2 1991):

Usage: module [ switches ] [ subcommand ] [subcommand-args ]`

运行脚本后未加载程序。

使用子进程测试一个简单的命令,例如:

testCmd=['ls', '-l']
subprocess.Popen(testCmd,shell=True)

我得到了预期的输出。

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1 回答 1

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从 [link] 获得提示(在 python 脚本中加载环境模块

以下工作: cmd=os.popen("/usr/bin/modulecmd python load bowtie/2.2.4) exec(cmd))

万一其他人面临同样的问题,因为没有其他工作。

注意:使用 python/2.7.3,其他环境模块也适用于其他工具。

于 2017-06-03T02:42:58.510 回答