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在安装了 java 的标准 Linux 环境中,我可以使用以下命令运行任何 java 程序:

java -jar path/to/picard.jar

其中 picard 是 java 程序的一个示例。我还可以使用这种方式指定 JVM 应该使用多少 CPU 线程或 RAM:

java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xms900m -jar path/to/program.jar

该 JVM 将获得 5 个线程和 900 MB 的 RAM。一切都很直截了当。

但是,当我在 anaconda (conda) 环境中运行 java 程序时,它有自己的 java 安装,我只需键入它即可运行该软件:

picard

如何将资源参数传递给 anaconda?默认参数是什么?

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我的解决方案是首先找到 Conda 在您的环境中安装 Picard 的位置,然后picard.jar在将内存参数传递给时给出完整路径java

java -Xms4G -jar path_to/picard.jar [your_picard_command]
于 2018-03-22T18:34:40.293 回答