45

我已经在我的 ubuntu 16.04 机器上安装了 Jupyter notebook。在 jupyter notebook 中,默认情况下安装了 python。现在我想使用 jupyter notebook 中的 R。

为此,我按照IRkernel 安装链接并运行以下命令:

install.packages('devtools')

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

但是当我运行 IRkernel::installspec()命令时,它显示以下错误:

必须安装 jupyter-client 但“jupyter kernelspec --version”退出并显示代码 127

我现在很困惑为什么会发生这个错误。

4

20 回答 20

39

从 RStudio 运行此命令将显示此错误。当您从命令行/终端运行此命令时,一切都会好起来的。

所以只需R从你的命令行输入。

然后运行以下命令:

install.packages('devtools')

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

在此处输入图像描述

IRkernel::installspec()
于 2017-05-22T09:07:50.777 回答
27
  1. 如果安装了 Anaconda 和 Jupyter-Notebook(应该是标准安装),请打开 Anaconda 提示符,而不是 Windows 命令提示符或 Anaconda Navigator
  2. 查找 R 的可执行文件(不是 Rgui 或 Rstudio),它应该在 C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin 之类的地方,记住输入路径 cd C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin并通过输入启动 RR
  3. 打字IRkernel::installspec()
  4. 现在您可以在 Jupyter-Notebook 中启动 R 内核
于 2018-12-30T23:30:06.367 回答
16

在某些 Windows 系统上,即使从 cmd / powershell 运行 R 也可能不会成功。我的机器上就是这种情况。我的解决方法是从 Anaconda Prompt 运行 R(如果您通过 Anaconda 安装了 Jupyter)。如果 R 不在您的PATH.

我认为这是与 相关的一些问题PATH,但是我没有运气添加Anaconda\Lib\site-packages\jupyter_client到我的系统中PATH

于 2017-08-16T01:30:21.783 回答
10

我已经解决了这个问题:

sudo ln -s /home/'我的用户名'/anaconda3/bin/jupyter /usr/bin/jupyter

于 2018-03-14T11:56:30.743 回答
6

我试图在我的 Windows 机器上安装 IRkernel。当我从 R 中运行时,我遇到了类似的问题:

> IRkernel::installspec(user = FALSE)
Error in IRkernel::installspec(user = FALSE) : 
  jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 1.

我没有使用 conda 在我的机器上安装 Jupyter,而是使用 pip。我安装了一些在后台使用 python 的程序。这意味着我的机器上有不止一个 Python 实例和更多 Jupyter 实例。为了确保我引用了正确的 Jupyter 实例,我这样做了:

> setwd('C:/usr/lib/Python36-32/Scripts')
> IRkernel::installspec(user = FALSE)
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in C:\ProgramData\jupyter\kernels\ir

除了 Python,我现在还可以在笔记本中使用 R。

于 2019-05-28T12:05:56.117 回答
6

我正在运行 Ubuntu 18.04.4,R 安装在 /usr/bin/R 中,Python 安装在 /home/ubuntu/anaconda3/bin/python 中。当我试图告诉 Jupyter 在哪里可以找到我的 R 安装的内核时,我遇到了许多与路径相关的问题。无论我如何运行 R,IRkernel::installspec() 都无法在 R 中运行。我通过在命令行中使用 jupyter kernelspec 建立连接发现了成功。具体来说,这对我有用。

从 R 内部:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("IRkernel/IRkernel")
system.file('kernelspec', package = 'IRkernel')

最后一行应该给你 Jupyter 的位置,它需要找到内核。我的是 /home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/IRkernel/kernelspec

从命令行:

  1. 检查您在 R 时收到的路径。其中应该有一个 .json 文件。
  2. jupyter kernelspec list (运行此命令以确保 jupyter 在您的路径中,您应该会看到有关当前可用内核的信息。
  3. jupyter kernelspec install /home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/IRkernel/kernelspec --name 'R' --user(您将使用在 R 中工作时收到的可能不同的路径)
  4. jupyter kernelspec list(这个列表现在应该包括 R)
  5. 重启 jupyter
于 2020-11-27T19:17:12.810 回答
4

这里有一个克服这个问题的方法。我已经在我的 mac 中安装了带有 anaconda 的 IRkernel(我猜在 Linux 上是一样的)。下面的命令也可以在 Windows 中运行,在 Anaconda shell 上运行并在 ay/n 提示符后按 y(您也可以参考https://medium.com/@kyleake/how-to-install-r-in-jupyter-with -irkernel-in-3-steps-917519326e41 )

我输入:

conda install -c r r-irkernel

然后我开始开始 R 打字:

R

最后,我安装了 kernelspec 来告诉 Jupyter IRkernel,在全局环境中安装选项 user=FALSE:

IRkernel::installspec(user=FALSE)

希望能帮助到你!

于 2018-10-31T15:43:17.167 回答
2

为任何在谷歌上搜索并陷入这个问题的人添加这个可能会从这个简单的学习中受益。我得到了与上面相同的错误,按照上面的说明进行操作(在终端中启动 R 时):

IRkernel::installspec() 
Error in IRkernel::installspec() : 
    jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127.

在 Bash 中我跑了:

Mac-Pro:~ $ jupyter kernelspec --version
-bash: jupyter: command not found

呃,我没有安装 Jupyter 使用以下命令安装 Jupyter(在 Mac 上,使用 brew)brew install jupyter:其他操作系统的安装说明可以在这里找到。

现在一切正常。

于 2018-04-23T14:21:11.417 回答
1

我有同样的错误,但修复不同:

确保您的系统上还安装了 anaconda!(或至少 jupyter) https://conda.io/docs/user-guide/install/index.html

于 2017-12-19T20:55:08.320 回答
1

我遇到了同样的错误,但就我而言,我在虚拟环境中安装了 jupyter,因此我必须在安装虚拟环境后启动 R 才能使 IRkernel::installspec() 成功。

于 2018-05-28T12:41:29.197 回答
1

尝试在 Jupyter 中将我的环境安装为内核时遇到了同样的错误。首先,我创建了一个新环境,在 conda 提示符下安装了 R、IRkernel 和 devtools,然后R在提示符下运行 R 输入并输入

IRkernel::installspec(name = 'myenvname', displayname = 'myenvname')

我有同样的错误。我以这种方式简单地解决了:

conda install -c anaconda jupyter_client

然后重新键入它刚刚工作的先前代码。

于 2020-03-20T12:16:51.983 回答
1

在 Windows 10 系统中,您只需将 R 库中的 3 个文件(在此步骤之前安装“IRkernel”) 在此处输入图像描述 移动到您的 jupyter-lab“ir”路径 在此处输入图像描述

希望对你有帮助!

于 2021-02-10T07:20:47.047 回答
1

我想出了同样的问题并按照这些步骤轻松解决了

电脑规格:macOS 版本 10.14.6

  1. 如果在此处找不到如何安装,请确保已安装 R。
  2. 如果在此处找不到,请确保您已安装 jupyter notebook 。
  3. 转到终端或使用 Launchpad 启动 R,然后安装以下软件包:devtools::install_github('IRkernel/IRkernel').
  4. 找出它的安装位置:并使用你在下面的command中得到system.file('kernelspec', package = 'IRkernel')的路径(我的是:)。/Users/ali/Library/R/4.0/library/IRkernel/kernelspec
  5. 现在再次转到终端并输入:jupyter kernelspec install /Users/ali/Library/R/4.0/library/IRkernel/kernelspec --name 'R' --user
  6. 然后最后一件事是检查内核列表并使用上面@Bryan Prazen 的 cmd 4 和 5 重新启动笔记本。

请享用 !!

于 2021-06-15T16:21:32.917 回答
0

我遇到过同样的问题; 我在 ~/.bashrc (和source)中添加了以下内容,然后尝试运行IRkernel::installspec()并且它有效:

export PATH="~/anaconda3/bin:$PATH"
于 2018-10-09T15:16:23.363 回答
0

我遇到了同样的问题,但上述解决方案都不适合我。我将 Debian 9 与默认版本的 python 和 R 一起使用。我必须删除已安装的程序并从源代码编译两者的最新版本。对于 Python 编译,我必须使用此配置https://github.com/sloria/TextBlob/issues/173

于 2018-12-11T02:06:57.977 回答
0

对于 Windows 用户,安装 anaconda 后,您应该重新启动系统,以便在启动时出现 Anaconda 提示。打开 Anaconda Prompt 后进入

IRkernel::installspec()

这次它会起作用,因为我认为重新启动'cuz PATH要升级的系统。

于 2019-05-01T14:27:16.380 回答
0

我不使用 conda - 我安装了 python 虚拟环境和 R。我不知道这是否重要,但我在 ubuntu for windows (WSL) 上运行(可能是我的错误的原因,可能无关)。在控制台中,它识别出了 jupyter。在 R 控制台中,我安装了 IRkernel,但 IRkernel::installspec() 给了我上面的错误(不认识 jupyter)。我找不到有效的解决方案,所以我在这里写下为我解决的问题。我在这里找到了 installspec 的内部结构。事先检查你的 jupyter 安装在哪里which jupyter 并从命令行运行 R。然后,运行以下代码(根据上面的链接进行调整):

 srcdir <- system.file('kernelspec', package = 'IRkernel')
 tmp_name <- tempfile()
 dir.create(tmp_name)
 file.copy(srcdir, tmp_name, recursive = TRUE)
 spec_path <- file.path(tmp_name, 'kernelspec', 'kernel.json')
 library(jsonlite)
 spec$argv[[1]] <- file.path(R.home('bin'), 'R')
 spec$display_name <- 'R'
 write(toJSON(spec, pretty = TRUE, auto_unbox = TRUE), file = spec_path)
 args <- c('kernelspec', 'install', '--replace', '--name', 'ir', file.path(tmp_name, 'kernelspec'))
 system2('/path/to/jupyter', args)  <--- here you copy paste the path you got earlier with pwd
 unlink(tmp_name, recursive = TRUE)
于 2020-09-13T18:02:53.613 回答
0

对于 mac 用户:

我遇到了同样的问题。你应该通过 R 调用IRkernel::installspec(user = FALSE)终端。我是这样解决的,我敢打赌你也可以这样做:

  1. R.home()在 R 控制台中调用
  2. 你会得到[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"
  3. 像这样添加/bin/R到路径:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R
  4. 在终端中,粘贴此路径/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R并输入。
  5. 现在您在终端中使用 R。打电话IRkernel::installspec(user = FALSE) ,然后就解决了。
于 2020-12-11T03:25:28.950 回答
0

我在 linux 中为 R 安装 jupyter notebook,当我为 jupyter 添加 IRkernel 时,我得到了同样的错误。然后我使用Linux终端安装jupyter-client sudo apt-get install jupyter-client 之后,没有出现其他错误。

于 2021-06-20T10:21:37.467 回答
-1

假设您已经R在终端中运行。您可以先调用library('IRkernel'),按 Enter,然后调用installspec()installspec(user=FALSE)

对我来说,简单地打电话IRkernel::installspec()总是会引发你在问题中提到的错误。我不知道为什么我在我的 centos 服务器上解决了这个问题。

于 2019-12-09T08:50:10.267 回答