r - 在 R 中使用 igraph 和 networkD3 进行树状图可视化

Question

我有一个g像这样命名的 igraph (R) 图形对象：

IGRAPH UNW- 6 5 -- 
+ attr: name (v/c), weight (e/n)
+ edges (vertex names):
[1] 1--4 1--5 1--6 4--2 3--5

我像这样在它上面运行集群：

c1 <-  cluster_fast_greedy(g)

然后我将它转换为一个 hclust 对象，如下所示：

hc <-  as.hclust(c1)

此时检查标签会产生：

> hc$labels
[1] "1" "4" "3" "5" "6" "2"

然后使用networkD3，我将其转换为radialNetwork

rad <- as.radialNetwork(hc)

我用（例如）绘制它：

D3graph <- radialNetwork(List = rad, 
                         fontSize = 10, 
                         opacity = 0.8, 
                         margin=1, 
                         fontFamily = "sans-serif",
                         nodeColour = "grey",
                         nodeStroke = "white"
                         )

但是hc树状图中出现了一个名为 的节点和一组未命名的节点。像这样：

Answer 1

您可以将函数中的根节点名称设置as.radialNetwork为零长度字符串...

library(networkD3)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
rad <- as.radialNetwork(hc, '')
radialNetwork(List = rad)

如果没有最小的可重现示例，我看不到你的对象g是什么，所以我无法解释为什么你的节点没有被标记，但我怀疑这发生在你的函数或函数中。在您使用该功能之前，应该显示您的标签设置（或未设置） 。cluster_fast_greedyas.hclusthc$labelsas.radialNetwork