data-science-experience - Q: DSX 的 R notebook 无法安装 DTW 算法

Question

我正在尝试在 DSX 的 R 笔记本中安装 R 的 DTW 包。运行安装命令时： install.packages("dtw") 给出以下错误：“安装包'dtw'有非零退出状态”警告。

Answer 1

安装尝试的其他输出可以在 R 内核的日志文件中找到。在 R 笔记本中，执行

Sys.getenv("LOG_FILE")

获取日志文件的名称。然后打开一个 Python notebook 并执行

!cat <name-of-the-log-file>

查看日志文件的内容。

尝试安装 dtw 后，我的日志文件显示：

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o dtw.so computeCM.o Launching java with spark-submit command /usr/local/src/spark20master/spark/bin/spark-submit sparkr-shell /gpfs/fs01/user/s10d-7f8820dde34dec-4cf890276e2b/notebook/tmp/RtmpofrZnw/backend_portd1c4793df5e

这看起来像是两个进程写入同一个日志文件的乱码日志输出。但再往下一点，我发现：

gcc: error: Launching: No such file or directory
gcc: error: java: No such file or directory
gcc: error: with: No such file or directory
gcc: error: spark-submit: No such file or directory
gcc: error: command: No such file or directory
gcc: error: sparkr-shell: No such file or directory
gcc: error: /gpfs/fs01/user/s10d-7f8820dde34dec-4cf890276e2b/notebook/tmp/Rtmpkh93V2/backend_porte8853270b27: No such file or directory
make: *** [dtw.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘dtw’

所以乱码的行实际上被执行了。我想说 dtw 包的安装逻辑对 DSX 不满足的环境做出了一些假设。

要进一步深入研究问题，您必须调试 dtw 安装程序，或者找到可以为您执行此操作的人。