在等待三个 MC 链运行一周后,对象没有保存,给出错误“错误:is.atomic(x) is not TRUE”。我已经多次运行此代码或其变体,所以它可能不是我的语法,但可能与对象大小或内部 stan_glmer 错误有关?日志如下,感谢您的帮助(关于如何保存中间链的建议也会很有用!)
stan.T.mod <- stan_glmer(form2, iter=5000, warmup=5000, thin=1,
family = binomial(link = "logit"), prior = student_t(location=0, df = 1, scale = 2.5),
prior_intercept = student_t(location=0, df = 1, scale=2.5),
prior_covariance = decov(shape = 10, scale = 1),
chains = 3, seed = 0305991, data=Tbinary.dt)
现在对模型“bernoulli”进行采样(链 1)。
链 1,迭代:1 / 5000 [0%](预热) 链 1,迭代:500 / 5000 [10%](预热)链 1,迭代:1000 / 5000 [20%](预热)链 1,迭代: 1500 / 5000 [ 30%](热身)链 1,迭代:2000 / 5000 [40%](热身)链 1,迭代:2500 / 5000 [50%](热身)链 1,迭代:3000 / 5000 [60 %](热身)链 1,迭代:3500 / 5000 [70%](热身)链 1,迭代:4000 / 5000 [80%](热身)链 1,迭代:4500 / 5000 [90%](热身)链 1,迭代:5000 / 5000 [100%](预热)经过时间:394305 秒(预热)0 秒(采样)394305 秒(总计)
现在对模型“bernoulli”进行采样(链 2)。
链 2,迭代:1 / 5000 [ 0%](预热) 链 2,迭代:500 / 5000 [ 10%](预热) 链 2,迭代:1000 / 5000 [ 20%](预热)链 2,迭代: 1500 / 5000 [ 30%](热身)链 2,迭代:2000 / 5000 [40%](热身)链 2,迭代:2500 / 5000 [50%](热身)链 2,迭代:3000 / 5000 [60 %](热身)链 2,迭代:3500 / 5000 [70%](热身)链 2,迭代:4000 / 5000 [80%](热身)链 2,迭代:4500 / 5000 [90%](热身)链 2,迭代:5000 / 5000 [100%](预热)经过时间:434251 秒(预热)0 秒(采样)434251 秒(总计)
现在对模型“bernoulli”进行采样(链 3)。
链 3,迭代:1 / 5000 [ 0%](预热) 链 3,迭代:500 / 5000 [ 10%](预热) 链 3,迭代:1000 / 5000 [ 20%](预热)链 3,迭代: 1500 / 5000 [ 30%](热身)链 3,迭代:2000 / 5000 [40%](热身)链 3,迭代:2500 / 5000 [50%](热身)链 3,迭代:3000 / 5000 [60 %](热身)链 3,迭代:3500 / 5000 [70%](热身)链 3,迭代:4000 / 5000 [80%](热身)链 3,迭代:4500 / 5000 [90%](热身)链 3,迭代:5000 / 5000 [100%](预热)经过时间:345070 秒(预热)0 秒(采样)345070 秒(总)
错误:is.atomic(x) 不是 TRUE
save(stan.T.mod, file=paste0(outpath, "stan.GCMfixedmods"));
保存错误(stan.T.mod,file = paste0(outpath,“stan.GCMfixedmods”)):
找不到对象“stan.T.mod”stan.T.mod 错误:找不到对象“stan.T.mod”