预先感谢您的帮助...
我想从过滤的多态站点创建一个二进制矩阵。我有 fasta 格式的 WGS 程序集，每个隔离序列一个文件（总共 131 个 fasta 文件）。
例如，fasta 文件包含x 个元素，每个元素的长度不同。使用包 seqinr 读取文件，如下所示，节点数对应于每个文件中的元素数；
fasta1$Node_1_length_179262_cov_53.4208_ID_3720：类“SeqFastadna”在... fasta1$Node_2_length_151612_cov_41.7317_ID_3726：类“SeqFastadna”在...
我还有一个 excel 文档，其中包含 filters_polymorphic_sites（在 wgMLST 分析中发现的多态基因座，所有基因座都被过滤掉了）（由 Gubbins 执行）。例如隔离1：CGTGAGCCGCGG-AGCCAATAGGGTCAGTGCGGTCGCTGCGGGGTGAACGGCGCAAGCTTTGTCACGCCGGATGGAAGTATGGCCCAGAATTGTTTTTTTATGCGGGCGGGGCTGGCACGAGAAACGATGC
隔离 2：CGTGAGCCGCGG-AGCCAATAGGGTCAGTGCGGTCGCTGCGGGGTGAACGGCGCAAGCTTTGTCACACCGGATGGAAGTATGGCCCAGAATTGTTTTTTTATTCGGGCGGGGCTGGCACAAGAAGCGATGC
我更喜欢在 R 中执行此操作，因此如果您可以建议一个 R 包，那将是惊人的，但是欢迎所有建议。
非常感谢！！