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我有一个实验设计，我想拟合一个线性回归模型。

这是设计data.frame：

design.df <- data.frame(batch=rep(c(1:3,1:3),4),
                      species=rep(c(rep("mouse",3),rep("rat",3)),4),
                      sex=rep(c(rep("M",12),rep("F",12))),
                      stringsAsFactors = F)

design.df$species并且design.df$sex都是factors：

design.df$species <- factor(design.df$species,levels=c("mouse","rat"))
design.df$sex <- factor(design.df$sex,levels=c("F","M"))

的对比编码design.df$species应该是contr.treatment，而design.df$sex应该是的contr.sum。

将其设置为model.matrix我认为这可能可行：

contrasts.list <- list(batch=NA,species="contr.treatment",sex="contr.sum")

design.mat <- model.matrix(as.formula(paste0("~",paste(model.factors,collapse="+"))),contrasts=contrasts.list,data=design.df)

显然，根据我得到的错误它不起作用：

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contrasts.arg[[nn]]) : 
  contrasts apply only to factors

所以我的问题是我如何根据我指定的model.matrix来获取design.df？contrasts.list

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您正在使用model.factors未在任何地方定义的变量。不确定目标是什么。如果您只想将所有这些值作为协变量，您可以这样做

contrasts.list <- list(species="contr.treatment", sex="contr.sum")
design.mat <- model.matrix(~., contrasts=contrasts.list, data=design.df)

请注意，您contrasts.list应该只有因子变量的值。不包括batch.

于 2017-04-12T04:54:07.573 回答