我正在开发一个 R 包,bigKRLS
. bigKRLS
在 Windows RGui 上工作,但在 Windows RStudio 上遇到致命错误。一些细节...
Windows RGui 工作,但 Windows RStudio 遇到致命错误;使用 R 3.3.0、3.3.1、3.3.3 在四台不同的机器上确认;RTools 3.3 和 3.4 遵循Coatless 教授推荐的最佳实践;RStudio 1.0.136;Windows 7 和 8。目前,bigKRLS
适用于 Mac OS X Yosemite 和 Ubuntu 14.04 的 RStudio 没有问题。
bigKRLS
取决于bigmemory
、Rcpp
、RcppArmadillo
和snow
(但问题早于最近添加的snow
,可以通过设置禁用以进行测试bigKRLS(..., Ncores = 1)
)。
devtools::install_github('rdrr1990/bigKRLS')
library(bigKRLS)
vignette("bigKRLS_basics")
set.seed(2017)
X <- matrix(runif(60), ncol=3)
y <- X %*% 3:1 + rnorm(20)
out <- bigKRLS(y, X)
summary(out)
上面的代码产生了从 R2 = 0.663 开始的模型估计(我们当然在其他平台上估计了很多更复杂的模型)。
Windows RStudiolibrary(bigKRLS)
在没有警告的情况下加载;bigKRLS()
输出它已成功清理数据。除其他外,这意味着y和X现在是big.matrix objects
。然后是第一个“真正的”步骤:bigKRLS()
调用bGaussKernel()
,这是会话在两分钟左右后中止的地方。不过好像也没什么问题bGaussKernel()
。bGaussKernel()
如果在一秒钟内从命令行调用,它运行得很好。事实上,如果你初始化每个bigKRLS()
需要的变量,你就可以在 Windows RStudio 中运行它的所有代码。
目前,该软件包会检测何时使用 Windows RStudio 并安全退出该功能,将用户引导至 RGui。任何有关更好解决方法的建议将不胜感激!