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我有一组 CSV 文件。我想将它们打包并将数据导出到包含多个工作表的单个 Excel 文件中。我将 CSV 文件作为一组数据框读取。

我的问题是如何构建命令openxlsx，我可以手动完成，但我遇到了列表构建问题。具体如何将数据框添加为命名列表的子组件，然后作为参数传递给write.xlsx()

例子

好的，所以我首先列出磁盘上的 CSV 文件并在内存中生成一组数据帧...

# Generate a list of csv files on disk and shorten names... 
filePath <- "../02benchmark/results/results_20170330/"
filePattern <- "*.csv"
fileListwithPath = list.files(path = filePath, pattern = filePattern, full.names = TRUE)
fileList = list.files(path = filePath, pattern = filePattern, full.names = FALSE)

datasets <- gsub("*.csv$", "", fileList)
datasets <- gsub("sample_", "S", datasets)
datasets

# Now generate the dataframes for each csv file...
list2env(
  lapply(setNames(fileListwithPath, make.names(datasets)),
         read.csv), envir = .GlobalEnv)

示例输出：

dput(datasets)
c("S10000_R3.3.2_201703301839", "S10000_T4.3.0_201703301843", 
"S20000_R3.3.2_201703301826", "S20000_T4.3.0_201703301832", "S280000_R3.3.2_201704020847", 
"S280000_T4.3.0_201704021100", "S290000_R3.3.2_201704020447", 
"S290000_T4.3.0_201704020702", "S30000_R3.3.2_201703301803", 
"S30000_T4.3.0_201703301817", "S310000_R3.3.2_201704012331", 
"S310000_T4.3.0_201704020242", "S320000_R3.3.2_201704011827", 
"S320000_T4.3.0_201704012128", "S330000_R3.3.2_201704011304", 
"S330000_T4.3.0_201704011546", "S340000_R3.3.2_201704010652", 
"S340000_T4.3.0_201704011010", "S350000_R3.3.2_201704010020", 
"S350000_T4.3.0_201704010404", "S360000_R3.3.2_201703311819", 
"S360000_T4.3.0_201703312134", "S370000_R3.3.2_201703310914", 
"S370000_T4.3.0_201703311301", "S380000_R3.3.2_201703310134", 
"S380000_T4.3.0_201703310509", "S390000_R3.3.2_201703301846", 
"S390000_T4.3.0_201703302252", "S40000_R3.3.2_201703301738", 
"S40000_T4.3.0_201703301752", "S50000_R3.3.2_201703301707", "S50000_T4.3.0_201703301724", 
"S60000_R3.3.2_201703301624", "S60000_T4.3.0_201703301647", "S70000_R3.3.2_201703301535", 
"S70000_T4.3.0_201703301602", "S80000_R3.3.2_201703301430", "S80000_T4.3.0_201703301508", 
"S90000_R3.3.2_201703301324", "S90000_T4.3.0_201703301400")

现在我们有一组数据框，我们希望创建一个包含多个工作表的 Excel 文件......

wb <- createWorkbook()
saveWorkbook(wb, 'output.xlsx')

lapply(names(myList), function(x) write.xlsx(myList[[x]], 'output.xlsx', sheetName=x, append=TRUE))

问题：

问题是我可以手动创建列表结构并且可以确认它有效但我似乎无法自动构建列表。

myList <- sapply(datasets,function(x) NULL)
names(myList)
str(myList)
myList$S10000_R3.3.2_201703301839 <- eval(S10000_R3.3.2_201703301839)

因此：

> str(myList)
List of 40
 $ S10000_R3.3.2_201703301839 :'data.frame':    43 obs. of  4 variables:
  ..$ function.: Factor w/ 42 levels "DF add random number vector",..: 30 25 38 42 36 39 40 29 26 22 ...
  ..$ user     : num [1:43] 2.144 0.263 0.024 0.068 0.008 ...
  ..$ system   : num [1:43] 0.63 0.065 0.001 0.004 0 ...
  ..$ elapsed  : num [1:43] 12.274 1.104 0.047 0.115 0.009 ...
 $ S10000_T4.3.0_201703301843 : NULL
 $ S20000_R3.3.2_201703301826 : NULL
 ...

具体问题：如何将每个数据框附加到列表中...

myList <- lapply( myList, function(x) eval(x) )

我在这里做错了什么？上面的 lapply() 不会遍历列表并将数据框附加到名称列表条目。

i.e. myList$S10000_R3.3.2_201703301839 <- eval(S10000_R3.3.2_201703301839)
> str(myList)
    List of 40
     $ S10000_R3.3.2_201703301839 :'data.frame':    43 obs. of  4 variables:
      ..$ function.: Factor w/ 42 levels "DF add random number vector",..: 30 25 38 42 36 39 40 29 26 22 ...
      ..$ user     : num [1:43] 2.144 0.263 0.024 0.068 0.008 ...
      ..$ system   : num [1:43] 0.63 0.065 0.001 0.004 0 ...
      ..$ elapsed  : num [1:43] 12.274 1.104 0.047 0.115 0.009 ...
     $ S10000_T4.3.0_201703301843 : NULL
     $ S20000_R3.3.2_201703301826 : NULL
     ...

我错过了什么？感谢所有帮助。是的，我很确定我错过了一些明显的东西......但是......我很难过。

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3 回答 3

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我没有你的数据框，所以我无法测试这个，但是下面的代码和我需要读写 Excel 文件时使用的方法类似。下面的代码使用xlsx包，因为这是我熟悉的，但如果你需要使用openxlsx.

library(xlsx)

首先，将文件读入列表。像这样的东西：

filePath <- "../02benchmark/results/results_20170330/"
filePattern <- "*.csv"
fileListwithPath = list.files(path = filePath, 
                              pattern = filePattern, 
                              full.names = TRUE)
fileList = list.files(path = filePath, pattern = filePattern, full.names = FALSE)
fileListwithPath = setNames( fileListwithPath, 
                             list.files(path = filePath, pattern = filePattern))
df.list = lapply(fileListwithPath, read.csv)

# Now we rename the List Names for use in worksheets...
# Remove .csv and sample_ prefix used in filenames...
# Reult in workbook S<size>_<R version>_<date>
names(df.list) <- gsub("\\.csv$","", names(df.list))
names(df.list) <- gsub("sample_","S", names(df.list))

您现在有一个列表，其中每个元素都是一个数据框，每个元素的名称都是文件的名称。现在，让我们将每个数据框写入同一个 Excel 工作簿中的不同工作表，然后将文件保存为 xlsx 文件：

wb = createWorkbook()

lapply( names(df.list), 
        function(df) {
          sheet = createSheet(wb, df)
          addDataFrame(df.list[[df]], sheet = sheet, row.names = FALSE)
          } )

saveWorkbook(wb, "My_workbook.xlsx")

为了说明，我已经分离了读取和写入 csv 文件，但您可以将它们组合成一个函数，该函数读取每个单独的 csv 文件并将其写入单个 Excel 工作簿中的新工作表。

于 2017-04-03T04:29:53.723 回答
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这是解决方案openxlsx：

## create data;
dataframes <- split(iris, iris$Species)

# create workbook
wb <- createWorkbook()
 
#Iterate the same way as PavoDive, slightly different (creating an anonymous function inside Map())
Map(function(data, nameofsheet){     

    addWorksheet(wb, nameofsheet)
    writeData(wb, nameofsheet, data)
 
}, dataframes, names(dataframes))
         
## Save workbook to excel file 
saveWorkbook(wb, file = "file.xlsx", overwrite = TRUE)

.. 但是，openxlsx它也可以使用它的功能openxlsx::write.xlsx，因此您可以只为对象提供数据框列表和文件路径，并且openxlsx足够聪明，可以在 xlsx 文件中将列表创建为工作表。我在这里发布的代码Map()是如果您想以特定方式格式化工作表。

于 2018-09-04T08:57:40.603 回答
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我认为使用包中imap的函数添加解决方案可能是值得的，purrr因为它提供了一种方便的机制，可以在一次调用中访问列表元素的名称和索引：

imap_xxx(x, ...)，一个索引映射，是map2(x, names(x), ...)if xhas names 或map2(x, seq_along(x), ...)if it doesn't 的简写。如果您需要同时计算元素的值和位置，这将非常有用。

imap解决方案

关于可重复性的虚拟数据。

lst_data <- list(cars = mtcars, air = airmiles)
wb <- openxlsx::createWorkbook()
purrr::imap(
    .x = lst_data,
    .f = function(df, object_name) {
        openxlsx::addWorksheet(wb = wb, sheetName = object_name)
        openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = object_name, x = df)
    }
)
t_file <- tempfile(pattern = "test_df_export", fileext = ".xlsx")
saveWorkbook(wb = wb, file = t_file)
于 2020-01-09T14:45:52.213 回答