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我需要一些关于 sed 或 awks 的帮助。

仅当一行后跟以相同字符开头的行（在本例中为>）时，我如何才能删除该行？

示例我有这个：

>1_SRR1422294
ATCGTCAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAT
>2_SRR1422294
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>5_SRR1422298
>5_SRR1422294
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>6_SRR1422294
>6_SRR1422250
TGTTCATGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC
>9_SRR1422294
GCGACTAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC

我想得到这个：

>1_SRR1422294
ATCGTCAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAT
>2_SRR1422294
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>5_SRR1422294
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>6_SRR1422250
TGTTCATGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC
>9_SRR1422294
GCGACTAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC

请注意，并非所有行都具有相同的数字，但它们都具有相同的格式，这就是我想使用正则表达式的原因。如果您能解释如何阅读您生成的代码，那就太好了。

太感谢了！

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5 回答 5

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只需使用带有( ) 选项的uniq命令即可轻松实现所需的结果：-w--check-chars=N

cat testfile | uniq -w 3

输出：

>1_SRR1422294
ATCGTCAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAT
>2_SRR1422294
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>5_SRR1422298
CGTCAGACGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAG
>6_SRR1422294
TGTTCATGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC
>9_SRR1422294
GCGACTAGGTAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC

-w, --check-chars = N
在行中           比较不超过N个字符

http://man7.org/linux/man-pages/man1/uniq.1.html

它将比较每行的前N​​个字符来决定是否重复行

于 2017-03-12T19:52:02.887 回答
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尝试：如果您的数据与给定的示例 Input_file 相同，那么以下内容可能对您有所帮助。

awk '/^>/{A=$0;next} {print A ORS $0;A=""}'  Input_file
于 2017-03-12T19:55:02.953 回答
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如果整个文件遵循该模式（一些以 开头的行>，您只需要最后一行，然后是应该始终打印的单行），您可以使用如下内容：

awk '/^>/ { latest=$0 } !/^>/ { if (latest) { print latest; latest="" } print }'

如果该行以 开头>，那么它会被记住（存储在变量中latest）但不会被打印。如果该行不以 开头>，则打印它，但仅在第一次打印最近存储在latest.

条件意味着每个打印的>行只会出现一次，即使>一行中有多个非行。由于您的示例数据中不会发生这种情况，因此您可能不需要复杂性，并且可以使用这个更简单的无条件版本：

awk '/^>/ { latest=$0 } !/^>/ { print latest; print }'
于 2017-03-12T19:36:09.070 回答
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sed 'N;/^>.*\n\w/!D' file #(GNU sed)

N：将下一行读入模式空间。
/^>.*\n\w/!D：如果第一行以“>”开头且第二行不以字母开头，则删除第一行

于 2017-03-13T03:39:08.870 回答
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这可能对您有用（GNU sed）：

sed 'N;/^>.*\n>/!P;D' file

将两行读入模式空间，如果第一行和第二行以 开头，则不要打印其中的第一行>。

于 2017-03-12T22:00:24.610 回答