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我有这张表（NumSucc = 成功次数，NumberTrials = 试验次数，Prob 是成功的概率）：

Gene    NumSucc NumTrials   Prob
Gene1   16       26        0.9548
Gene2   16       26        0.9548
Gene3   12       21        0.9548
Gene4   17       27        0.9548
Gene5   17       27        0.9548
Gene6   17       27        0.9548
Gene7   8        15        0.9548
Gene8   10       17        0.9548

我想要每行的累积二项式分布 P 值。当我将这个确切的表格放入 excel 列 AD 中，然后在 E 列中键入函数（例如，对于第 2 行）：

=BINOMDIST(B2,C2,D2,1)

输出表如下所示：

Gene    NumSucc NumTrials   Prob    Binomial
Gene1   16  26  0.9548  9.68009E-08
Gene2   16  26  0.9548  9.68009E-08
Gene3   12  21  0.9548  1.40794E-07
Gene4   17  27  0.9548  1.47463E-07
Gene5   17  27  0.9548  1.47463E-07
Gene6   17  27  0.9548  1.47463E-07
Gene7   8   15  0.9548  1.79741E-06
Gene8   10  17  0.9548  5.01334E-06

或者，当我使用以下代码将这个确切的表放入 Scipy 时：

import glob
import os
import scipy
from scipy.stats.distributions import binom
import sys

def WriteBinomial(InputFile,output):
    open_input_file  = open(InputFile, 'r').readlines()[1:]
    for line in open_input_file:
        line = line.strip().split()
        GeneName,num_succ,num_trials,prob = line[0],int(line[1]),int(line[2]),float(line[3])
        print GeneName + "\t" + str(num_succ) + "\t" + str(num_trials) + "\t" + str(prob) + "\t" + str((binom.cdf(num_succ-1, num_trials, prob)))


WriteBinomial(sys.argv[1],sys.argv[2])

输出是：

GeneName    NumSucc NumTrials   Prob    Binomial
Gene1   16  26  0.9548  6.59829603211e-09
Gene2   16  26  0.9548  6.59829603211e-09
Gene3   12  21  0.9548  7.92014917046e-09
Gene4   17  27  0.9548  1.06754559723e-08
Gene5   17  27  0.9548  1.06754559723e-08
Gene6   17  27  0.9548  1.06754559723e-08
Gene7   8   15  0.9548  8.41770305586e-08
Gene8   10  17  0.9548  2.93060582331e-07

有谁知道为什么这两种方法没有给出相同的结果？

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1 回答 1

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您的 Python 代码有“num_succ-1”，而 Excel 公式在“B2-1”中没有。

Python -> “binom.cdf(num_succ-1, num_trials, prob)” Excel -> “=BINOMDIST(B2,C2,D2,1)”

下面的代码应该产生与 excel 相同的输出。

import glob
import os
import scipy
from scipy.stats.distributions import binom
import sys

def WriteBinomial(InputFile,output):
    open_input_file  = open(InputFile, 'r').readlines()[1:]
    for line in open_input_file:
        line = line.strip().split()
        GeneName,num_succ,num_trials,prob = line[0],int(line[1]),int(line[2]),float(line[3])
        print GeneName + "\t" + str(num_succ) + "\t" + str(num_trials) + "\t" + str(prob) + "\t" + str((binom.cdf(num_succ, num_trials, prob)))


WriteBinomial(sys.argv[1],sys.argv[2])
于 2017-03-07T21:57:02.887 回答