r - 带有来自数据子集的向量的联合图

Question

我正在使用 R 包（vegan）从社区数据生成 NMDS 排序图，并希望包含长度与所选物种的重要性相对应的向量（即来自原点的箭头）。如何将箭头限制为仅显示在数据前四分位数中的那些物种？我可以计算每个向量的长度，但不知道如何将打印的箭头限制为符合所需标准的箭头。例如，

require(vegan)

data(dune) mds <- metaMDS(dune) plot(mds$points[,1], mds$point[,2]) arrows(0, 0, mds$species[,1], mds$species[,2], col = "grey50")

# for the length of ea arrow for ea sp:

hyp <- sqrt(mds$species[,1]^2 + mds$species[,2]^2)

谢谢...

Answer 1

这ImportantSpecies条线标识了哪些点位于前四分位数。然后，您可以使用如图所示仅绘制这些点。

ImportantSpecies = which(hyp > quantile(hyp, 0.75)

plot(mds$points[ImportantSpecies,1], mds$point[ImportantSpecies,2]) 
arrows(0, 0, mds$species[ImportantSpecies,1], 
             mds$species[ImportantSpecies,2], col = "grey50")