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作为一项长期政策，我避免将名称导入（也称为“污染”）当前范围，而是在引用不同包中定义的项目时使用完全限定名称。

下面的脚本表明，在 R 中，使用限定名称本身是不够的。

#!/usr/bin/env Rscript

set.seed(0)

x <- local({
         x0 <- matrix(rnbinom(80, size = 5, mu = 10), nrow = 20)
         `rownames<-`(rbind(0, c(0, 0, 2, 2), x0),
                      paste("Tag", 1:(nrow(x0) + 2), sep = "."))
     })

y <- edgeR::DGEList(counts = x,
                    group = rep(1:2, each = 2),
                    lib.size = 1001:1004)

## library(edgeR)

y[1, 1]

脚本失败

Error in y[1, 1] : incorrect number of dimensions
Execution halted

该脚本的唯一罪行似乎是library(edgeR)在失败语句之前的某处没有包含该行，因为如果取消注释已注释掉的行，错误就会消失。

这是伏都教，恕我直言。

有没有办法在不污染当前范围的情况下避免错误library(edgeR)？

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当您避免加载edgeR包时，您也避免加载[.DGEList执行所需的方法y[1, 1]。如果您不想加载edgeR库，则需要直接调用提取函数：

edgeR::`[.DGEList`(y, 1, 1)

如果你不喜欢完全限定的语法，你可以引入你需要的方法

`[.DGEList` <- edgeR::`[.DGEList`

然后y[1, 1]将按预期工作。但这是另一种形式的污染，我不确定我是否会推荐它作为一般解决方案。

于 2017-01-19T16:02:05.597 回答