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我坚持在 LIMMA 中为我的微阵列实验设计创建设计矩阵。该实验由 40 个安捷伦阵列组成。受试者接受了两种压力条件（S1 和 S2）的治疗。在每种压力条件下，受试者在 5 个时间点（0、6、12、24 和 48）进行采样。微阵列实验以这样一种方式进行，即在特定时间点的每四个阵列，无论应力处理如何，都进行染料交换。

基本上，这是针对同一主题的时间课程实验，具有两种不同的压力。我想知道哪些基因对压力 1 或 2 重要/负责。目标文件如下所示：

SampleNumber    FileName     Cy3    Cy5 Stress
1   Array1  pool1   S1_Time0    S1
2   Array2  pool1   S1_Time0    S1
3   Array3  pool1   S1_Time0    S1
4   Array4  S1_Time0    pool1   S1
5   Array5  pool1   S1_Time6    S1
6   Array6  pool1   S1_Time6    S1
7   Array7  pool1   S1_Time6    S1
8   Array8  S1_Time6    pool1   S1
9   Array9  pool1   S1_Time12   S1
10  Array10 pool1   S1_Time12   S1
11  Array11 pool1   S1_Time12   S1
12  Array12 S1_Time12   pool1   S1
13  Array13 pool1   S1_Time24   S1
14  Array14 pool1   S1_Time24   S1
15  Array15 pool1   S1_Time24   S1
16  Array16 S1_Time24   pool1   S1
17  Array17 pool1   S1_Time48   S1
18  Array18 pool1   S1_Time48   S1
19  Array19 pool1   S1_Time48   S1
20  Array20 S1_Time48   pool1   S1
21  Array21 pool2   S2_Time0    S2
22  Array22 pool2   S2_Time0    S2
23  Array23 pool2   S2_Time0    S2
24  Array24 S2_Time0    pool2   S2
25  Array25 pool2   S2_Time6    S2
26  Array26 pool2   S2_Time6    S2
27  Array27 pool2   S2_Time6    S2
28  Array28 S2_Time6    pool2   S2
29  Array29 pool2   S2_Time12   S2
30  Array30 pool2   S2_Time12   S2
31  Array31 pool2   S2_Time12   S2
32  Array32 S2_Time12   pool2   S2
33  Array33 pool2   S2_Time24   S2
34  Array34 pool2   S2_Time24   S2
35  Array35 pool2   S2_Time24   S2
36  Array36 S2_Time24   pool2   S2
37  Array37 pool2   S2_Time48   S2
38  Array38 pool2   S2_Time48   S2
39  Array39 pool2   S2_Time48   S2
40  Array40 S2_Time48   pool2   S2
4

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