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我正在使用 GLM 进行物种分布建模。我有来自 GBIF ( http://www.gbif.org/species/5846514 ) 的凯门鳄物种的(南美洲)数据和来自 Worldclim ( http://worldclim.org/current ) 的生物气候数据。我试图运行 GLM 以模拟物种分布(使用 dismo 包):

modelGLM = pres ~ bioclim_10 + bioclim_11+ bioclim_16 + I(bioclim_16^2) + bioclim_17
GLM <- glm(modelGLM, family=binomial(link=logit), data=PresBackTrainRaw)
projecaoSuitability = predict(predictors, GLM, type='response')

直到这里,一切看起来都很好,但是当我尝试获得阈值(截止)时,返回负值:

library(dismo)
> evaluation=evaluate(p=presencesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x=predictors)
> thresholdValues=threshold(evaluation,'spec_sens')  
> thresholdValues    
> [1] -2.578797

由于 glm 输出(type='response')的范围从 0 到 1,负阈值没有意义。有人可以帮我看看有什么问题吗?

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解决方案(用户20650提供):

添加:type='response'_evaluate

库(dismo)评估=评估(p=presencesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x=predictors,type='response')threshold(评估,'spec_sens')
thresholdValues
[1] 0.07042211

于 2016-12-22T00:09:27.233 回答