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我想从 R 运行这个 Python 代码：

>>> import nlmpy 
>>> nlm = nlmpy.mpd(nRow=50, nCol=50, h=0.75) 
>>> nlmpy.exportASCIIGrid("raster.asc", nlm)

Nlmpy 是一个 Python 包，用于构建中性景观模型。示例来自网站

为了从 R 运行这个 Python 代码，我正在尝试使用包rPithon。但是，我收到此错误消息：

if (pithon.available()) 
{ 
  nRow <- 50 
  nCol <- 50 
  h <- 0.75 

  # this file contains the definition of function concat 
  pithon.load("C:/Users/Anaconda2/Lib/site-packages/nlmpy/nlmpy.py") 
  pithon.call( "mpd", nRow, nCol, h) 

} else { 
  print("Unable to execute python") 
} 

Error in pithon.get("_r_call_return", instance.name = instname) : 
Couldn't retrieve variable: Traceback (most recent call last): 
File "C:/Users/Documents/R/win-library/3.3/rPithon/pythonwrapperscript.py", line 110, in <module> 
reallyReallyLongAndUnnecessaryPrefix.data = json.dumps([eval(reallyReallyLongAndUnnecessaryPrefix.argData)]) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\__init__.py", line 244, in dumps 
return _default_encoder.encode(obj) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 207, in encode 
chunks = self.iterencode(o, _one_shot=True) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 270, in iterencode 
return _iterencode(o, 0) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 184, in default 
raise TypeError(repr(o) + " is not JSON serializable") 
TypeError: array([[ 0.36534654,  0.31962481,  0.44229946, ...,  0.11513079, 
0.07156331,  0.00286971], [ 0.41534291,  0.41333479,  0.48118995, ...,  0.19203674, 
0.04192771,  0.03679473], [ 0.5188

此错误是由我的代码中的语法问题引起的吗？我使用 Python 2.7 版本的适用于 Windows 的 Anaconda 4.2.0 平台。

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因此，我没有使用过该nlmpy软件包，我不确定您的预期输出是什么。但是，此代码在 R 和 Python 之间成功通信。

有两个文件，

nlmpyInR.R

command ="python"
path2script="path_to_your_pythoncode/nlmpyInPython.py"

nRow <-50 
nCol <-50 
h <- 0.75

# Build up args in a vector
args = c(nRow, nCol, h)

# Add path to script as first arg
allArgs = c(path2script, args)

Routput = system2(command, args=allArgs, stdout=TRUE)
#The command would be python nlmpyInPython.py 50 50 0.75

print(paste("The Output is:\n", Routput))

nlmpyInPython.py

import sys
import nlmpy 
#Getting the arguments from the command line call
nRow = sys.argv[1]
nCol = sys.argv[2]
h = sys.argv[3]

nlm = nlmpy.mpd(nRow, nCol, h) 
pyhtonOutput = nlmpy.exportASCIIGrid("raster.asc", nlm)
#Whatever you print will get stored in the R's output variable. 
print pyhtonOutput
于 2016-11-24T05:37:08.010 回答
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“不是 JSON 可序列化”行暗示了您遇到的错误的原因。您的 R 代码mpd 使用某些参数调用该函数，该函数本身将正确执行。然后，rPithon 库将尝试将函数的返回值发送回 R，并为此尝试创建一个描述返回值的JSON对象。

这适用于整数、浮点值、数组等，但并非每种 Python 对象都可以转换为这种 JSON 表示。并且因为rPithon不能转换mpd这种方式的返回值，所以会产生错误。

不过，您仍然可以使用 rPithon 来调用该mpd函数。下面的代码创建了一个新的 Python 函数，它执行两个步骤：首先它mpd使用指定的参数调用函数，然后将结果导出到一个文件，该文件的文件名也是一个参数。使用 rPithon，然后从 R 调用新函数。因为myFunction不返回任何内容，所以以 JSON 格式表示返回值不会有问题。

library("rPithon")

pythonCode = paste("import nlmpy.nlmpy as nlmpy",
                   "",
                   "def myFunction(nRow, nCol, h, fileName):",
                   "    nlm = nlmpy.mpd(nRow, nCol, h)",
                   "    nlmpy.exportASCIIGrid(fileName, nlm)", 
                   sep = "\n")
pithon.exec(pythonCode)

nRow <- 50 
nCol <- 50 
h <- 0.75 

pithon.call("myFunction", nRow, nCol, h, "outputraster.asc")

在这里，Python 代码定义为 R 字符串，并使用 pithon.exec. 您还可以将该 Python 代码放在一个单独的文件中，并使用它pithon.load来处理代码，以便知道该myFunction 函数。

于 2017-04-30T16:02:47.593 回答