r - “facet_grid”和overplot：令人费解的行为

Question

我正在使用 绘制一些数据facet_grid()，我注意到一些令人费解的事情。

我预计我是 ggplot 库的初学者，我可能错过了一些东西。无论如何，它来了。

假设以下数据框：

library(ggplot2)

d1 <- runif(500)
d2 <- runif(500)*10
s1 <- sample(LETTERS[1:2], 500, replace = T, prob=c(0.3, 0.7))
s2 <- sample(letters[3:4], 500, replace = T, prob=c(0.4, 0.6))
df <- data.frame(s1, s2, d1, d2)

看起来像这样：

s2 s1 d1        d2
c  B  0.3434944 0.9881925
d  A  0.7847741 9.7759946
d  A  0.3142764 2.3654268
...

我绘制数据，以便根据分类值对它们进行排序：

ggplot(df, aes(x=df$d1, y=df$d2)) +
geom_point(col="red", cex=2) +
facet_grid(d2 ~ d1)

导致以下情节：

情节 1

我现在只想过度绘制数据的一个子集，并且我使用了以下（这里是简化的）代码：

geom_point(data=df[df$d2 > 7.5,],
aes(x=df$d1[df$d2 > 7.5], y=df$d2[df$d2 > 7.5]),
cex=1, colour=I("black"))

产生以下情节：

情节 2

现在，已经设置了一个阈值，我希望所有的值，比如“大于阈值”都被绘制到预先存在的值上。

情况似乎并非如此。

事实上，一些预先存在的值没有匹配的阈值。此外，一些阈值不具有匹配的预先存在的值。最让我困惑的是，据我所知，数据点来自同一个数据帧，我希望第一层（预先存在的）包含第二层。我在这里错过了什么吗？

此外，如果仔细观察，绘制的点与正确的 2D 位置匹配，尽管它们位于错误的象限中。

更令人费解的是：如果我绘制以下子集：

ggplot(df[df$d2 < 7.5,], aes(x=df$d1[df$d2 < 7.5], y=df$d2[df$d2 < 7.5])) +
geom_point(col="red", cex=2) +
facet_grid(d2 ~ d1) +
geom_point(data=df[df$d2 > 7.5,], aes(x=df$d1[df$d2 > 7.5], y=df$d2[df$d2 > 7.5]), cex=1, colour=I("black"))

一些预先存在的值从“高于阈值”的区域移动到“低于阈值”的区域。任何人都可以解释这种行为吗？

非常感谢。

Answer 1

我无法准确解释您的问题的原因，但我认为您subsets在绘图功能中没有识别这些方面。通过在 中创建一个新T/F列dataframe，我们可以控制每个个体的颜色和大小facet。这有什么好处吗？

编辑使用空心点shape=21和scale_fill_manual, 来准确解决问题。

df$d<-df$d2>7.5

ggplot(data=df, aes(x=d1, y=d2,colour=d,size=d,fill=d))+
    facet_grid(s1~s2)+
    geom_point(show.legend=F,shape=21,size=2,stroke=1.5,col="red")+
    scale_fill_manual(values=setNames(c('black','red'),c(T,F)))