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似乎 runjags 突然（更新到版本 2.0.3-2 后）找不到 JAGS 二进制文件，发出错误：

[1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n"
attr(,"class")
[1] "try-error"
attr(,"condition")
<simpleError in system("where jags", intern = TRUE): 'where' not found

我通过将这条线放在我的Rprofile：

.runjags.options <- list(jagspath = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe")

这几乎可以解决问题（尽管它并不理想——以前版本的 runjags 可以自动找到二进制文件）。

但是，当通过打开与其关联的 .Rdata 文件启动 Rgui（在 Windows XP 中）时，它会停止工作：

> .runjags.options # it was set in the Rprofile
$jagspath
[1] "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe"

> require(runjags)
Loading required package: runjags
Warning message:
package ‘runjags’ was built under R version 3.1.3 
> runjags.getOption("jagspath")
[1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n"
attr(,"class")
[1] "try-error"
attr(,"condition")
<simpleError in system("where jags", intern = TRUE): 'where' not found

这是一个错误吗？如何解决这个问题？

我目前正在调用runjags.options(jagspath = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe")我的消息来源require(runjags)，但我想尽可能避免这种情况！

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问题出在 findjags() 函数中，更具体地说，它使用了 2003 年添加到 Windows 的“where”系统命令，因此在 Windows XP 中不存在。findjags() 中有一些代码旨在检测早期版本的 Windows 并恢复为查找 JAGS 的不同方法，但自 1.x 版以来这没有改变，所以我不知道为什么会“突然”停止工作。也许您的系统发生了变化，或者 system() 命令在 R 中的工作方式发生了变化。我已修改此代码以解决我认为错误来自的位置，但我无权访问Windows XP（我很惊讶你这样做！）所以我无法测试它。我不认为它会造成任何伤害，所以无论如何我都会将它包含在下一个版本中，

我也不确切知道为什么在打开 .Rdata 文件时找不到 .runjags.options ，但是打开 .Rdata 文件可能会在设置对象之前加载库。我会对此进行调查，但这可能不是我可以做的任何事情。使用 runjags.options() 的替代方法是在调用 run.jags 等时设置 jags 参数。

于 2016-11-12T11:00:28.513 回答