python - 拉普拉斯平滑到 Biopython

Question

我正在尝试为我的生物信息学项目添加对 Biopython 的朴素贝叶斯代码1的拉普拉斯平滑支持。

我已经阅读了许多关于朴素贝叶斯算法和拉普拉斯平滑的文档，我想我已经有了基本的想法，但是我无法将它与该代码集成（实际上我看不到我将添加 1 -拉普拉斯数的哪一部分）。

我不熟悉 Python，我是一个新手编码器。如果有熟悉 Biopython 的人能给我一些建议，我将不胜感激。

Answer 1

尝试改用该_contents()方法的定义：

def _contents(items, laplace=False):
    # count occurrences of values
    counts = {}
    for item in items:
        counts[item] = counts.get(item,0) + 1.0
    # normalize
    for k in counts:
        if laplace:
            counts[k] += 1.0
            counts[k] /= (len(items)+len(counts))
        else:
            counts[k] /= len(items)
    return counts

然后将调用更改Line 194为：

# Estimate P(value|class,dim)
nb.p_conditional[i][j] = _contents(values, True)

用于True启用平滑，并False禁用它。

这是有/没有平滑的输出的比较：

# without
>>> carmodel.p_conditional
[[{'Red': 0.40000000000000002, 'Yellow': 0.59999999999999998},
  {'SUV': 0.59999999999999998, 'Sports': 0.40000000000000002},
  {'Domestic': 0.59999999999999998, 'Imported': 0.40000000000000002}],
 [{'Red': 0.59999999999999998, 'Yellow': 0.40000000000000002},
  {'SUV': 0.20000000000000001, 'Sports': 0.80000000000000004},
  {'Domestic': 0.40000000000000002, 'Imported': 0.59999999999999998}]]

# with
>>> carmodel.p_conditional
[[{'Red': 0.42857142857142855, 'Yellow': 0.5714285714285714},
  {'SUV': 0.5714285714285714, 'Sports': 0.42857142857142855},
  {'Domestic': 0.5714285714285714, 'Imported': 0.42857142857142855}],
 [{'Red': 0.5714285714285714, 'Yellow': 0.42857142857142855},
  {'SUV': 0.2857142857142857, 'Sports': 0.7142857142857143},
  {'Domestic': 0.42857142857142855, 'Imported': 0.5714285714285714}]]

---

除了上述之外，我认为代码可能存在错误：

代码根据它们的类拆分实例，然后对于每个类，并给出每个维度，它计算每个维度值出现的次数。

问题是，如果对于属于一个类的实例的子集，并非某个维度的所有值都出现在该子集中，那么当_contents()调用该函数时，它不会看到所有可能的值，因此会返回错误概率...

我认为您需要跟踪每个维度的所有唯一值（来自整个数据集），并在计数过程中考虑到这一点。