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您好，我正在构建一种基因组组装方法，我的管道的一个关键步骤是分阶段。我一直在寻找不同的方法，最近发现了看起来很有希望用于多倍体单倍体分析的 H-PoPG。我正在尝试测试我的数据，但我得到了以下结果，并且在网络上找不到任何帮助或论坛。

这是我正在使用的命令：

java -jar H-PoPG.jar -p 3 -w  0.9 -f fragment_matrix_Chrm1 -vcf PilonChrm1.vcf -o output_phased_Chrm1

这是错误消息：

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:59)
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:25)
at algorithms.HPBOP2Alg.buildHaplotype(HPBOP2Alg.java:24)
at main.PolyPlotyping.Polyphasing(PolyPlotyping.java:224)
at main.PolyPlotyping.go(PolyPlotyping.java:159)
at main.PolyPlotyping.main(PolyPlotyping.java:280)
srun: error: neumann: task 0: Exited with exit code 1

谁能通过向我解释这个错误可能来自哪里来指出我正确的方向？非常感谢

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我已经运行了您的数据，发现在没有 vcf 文件的情况下运行命令是可以的。使用 vcf 文件运行时会出现错误消息。vcf 文件包含许多重叠部分，例如：

Chromosome_1_Reference  16      .       A       .       1486    LowCov  DP=39;TD=43;BQ=38;MQ=57;QD=38;BC=39,0,0,0;QP=100,0,0,0;PC=119;IC=0;DC=0;XC=0;AC=0;AF=0.00       GT      0/0
Chromosome_1_Reference  16      .       AAACCC  A       .       Amb;LowCov      DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.29     GT      0/1
Chromosome_1_Reference  17      .       A       C       1018    Amb;LowCov      DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.52     GT      0/1

请检查vcf文件，确保每个SNP位置只被一行覆盖，并且每行的最后一列应该是0/0/1或多倍体为3时的0/1/1（-p 3）。

于 2016-10-05T00:02:07.960 回答