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在任何带有数据块和 data= 参数的模型中，我都会从 run.jags() 中得到一些违反直觉的行为。它似乎使用 data 参数来运行实际模型，但在环境中搜索数据块中使用的任何内容。这是一个非常简单的模型的示例：

data {
    ylen <- length(y)
}
model {
    for (i in 1:ylen) {
        y[i] ~ dnorm(mu,1)
    }
    mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

如果我像这样运行它，我会收到一个错误：

> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Error: The following error was obtained while attempting to parse the data:
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'y' not found

但是，如果我在调用环境中创建一个变量“y”，它会被使用，但是以一种非常奇怪的方式：

> y<-c(-1,-1,-1)
> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Compiling rjags model...
Calling the simulation using the rjags method...
Note: the model did not require adaptation
Burning in the model for 4000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Running the model for 10000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Simulation complete
Calculating summary statistics...
Note: The monitored variable 'ylen' appears to be non-stochastic; it will not be included
in the convergence diagnostic
Calculating the Gelman-Rubin statistic for 2 variables....
Finished running the simulation

JAGS model summary statistics from 20000 samples (chains = 2; adapt+burnin = 5000):

     Lower95 Median Upper95   Mean      SD Mode     MCerr MC%ofSD SSeff AC.10   psrf
ylen       3      3       3      3       0    3        --      --    --    --     --
mu    3.8339 4.9742  6.0987 4.9747 0.57625   -- 0.0040089     0.7 20661 0.011 1.0001

所以你可以看到它似乎使用了调用环境中的 y 来计算长度，达到 3，但使用数据列表中的 y 值来计算实际数据，达到 mu=5。

如果我使用 rjags，它会按我的预期工作，使用 data= 参数用于实际模型和数据块中派生变量的计算。

这是runjags中的错误吗？我怎样才能让它使用 data= 参数来 run.jags() 在数据块中进行计算？

我在 runjags_2.0.3-2 和 runjags_2.0.4-2 上试过这个

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1 回答 1

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是的，这是 runjags 中的一个错误，由于您清晰且可重复的示例，现在将在下一个版本中修复该错误！问题的根源在于试图保持与可以包含数据列表的 BUGS 模型文本的兼容性（这与 JAGS 使用的数据块不同）。

同时，可能的解决方法是在 R 中计算 ylen 并将其传递给数据列表中的 JAGS（另请参阅模型本身内的 #data# 构造），或直接在模型中使用 length(y) 例如：

model {
for (i in 1:length(y)) {
    y[i] ~ dnorm(mu,1)
}
mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

希望有帮助，

马特

于 2016-09-29T14:48:47.970 回答