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编辑：我想通了。只是没看懂符号。

你好，

希望有人熟悉生物信息学工具箱中的簇图。我对函数的图形方面（树状图/热图）感兴趣，但目前我有障碍，因为它需要我使用 Matlab 的 cluster() 函数。我更愿意使用我的个人算法进行聚类，然后让 Matlab 为我可视化。

我已经搜索了代码，但是对于一般的面向对象编程，尤其是 Matlab 的版本，我一无所知。因此，我所知道的只是函数调用了“obj = obj.getclusters”这一行，但不知道如何对其进行编辑，以便我使用自己的聚类算法而不是 Matlab 的。

任何帮助表示赞赏！

编辑：我正在专门研究一种新算法，因此我不需要 pdist 或链接。树状图是在 clustergram 函数之外计算的。我用来创建树状图/热图的只是 clustergram 函数。我的生物信息学工具箱是 3.3 版

真的，我在这里寻找的只是'obj = obj.getclusters;'到底做了什么 做？我不是程序员，对 OO 真的不熟悉。对我来说，这看起来就像我们神奇地拥有集群，因为没有函数调用。这是在 clustergram() 的第 304 行

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首先，我有更高版本的 Bioinformatics Toolbox（3.4 及更高版本），对于这些版本，clustergram.m文件没有该行obj = obj.getclusters;

记住类中的CLUSTERGRAM（不像旧版本那样起作用）。当你运行时，clustergram(data,...)你实际上是运行这个类的构造方法来创建 clustergram 对象。这个对象是obj可变的。因此，当您运行时，obj = obj.getclusters;您实际上运行getclustersclustergram 类中的方法，该方法会更新 object obj。

要获取更多详细信息，getclusters请查看方法块中的以下行：

    function obj = getcluster(obj)

在最新版本中，方法computeClusters定义为

    function computeClusters(obj)

此方法计算行和列的树状图并更新对象。当然，您可以直接更改此功能，但我不建议这样做。最好为距离度量和链接开发单独的函数，并使用这些函数来构造 clustergram 对象。

如果您的算法不使用距离和链接，请解释它是如何构建树状图的。它是否创建与LINKAGE函数的输出相同的链接矩阵？如果没有这样的矩阵，我认为即使仅用于可视化也不能使用 clustergram。你有一个例子你的clustergram应该是什么样子吗？可能您可以使用其他更简单功能的Heatmap类，例如IMAGE或IMAGESC。

于 2010-10-21T20:02:41.643 回答