r - 如何在 R 中提取循环嵌套的 .nxml 文件的值

Question

我正在使用.nxml格式的 pubmed 数据我有几个按主题分类的文件夹（每个文件夹包含 100-300 个 .nxml 文件）。我编写了以下代码来从一个文件中提取抽象并将其保存为数据框：

library(XML)
doc <- xmlParse("Genetics_2011_Aug_188(4)_799-808.nxml")
plant.df <- as.data.frame(t(xpathSApply(doc,"//abstract",function(x) xmlSApply(x,xmlValue))))

适用于一个文件。

我的问题是当我使用：

files <- (list.files(pattern = "\\.nxml$"))

循环遍历一个文件夹中的文件，它将文件保存为一个字符，因此由于类型的原因我无法使用xmlParse。（我得到了Error: XML content does not seem to be XML:：）

我如何循环文件或换句话说使过程自动化？谢谢。

更新：

    library(XML)
files <- c(list.files(pattern = "\\.nxml$",full.names=TRUE))
#print(typeof(files))
for (i in files)
  {
  allfiles <- xmlParse(i)
  abstract.df <- as.data.frame(t(xpathSApply(allfiles,"//abstract",function(x) xmlSApply(x,xmlValue))))
  }
print(abstract.df)

sink("outtext.txt") 
lapply(abstract.df, print) 
sink()