bioinformatics - 计算许多序列的（平均）序列分歧

Question

我有大约 13K 序列和 120 个碱基，我想比较它们以找到诸如保守区域、它们之间的平均差异或非常不同的异常值之类的东西。

问题是，有了这么多的序列，我尝试过的事情是不可行的。

那么有没有人做过类似的事情并且可以给我一些提示如何实现它？或者也许只是我应该寻找的一些提示？

Answer 1

使用PHYLIP包dnadist的程序。您可以在 Biopython 库中获得一些帮助来处理此处的 Phylip 对齐格式。