r - 如何解释从 heatmap.2 生成的热图键和直方图？

Question

亲爱的 stackoverflow 社区，我从以下 R 代码生成了一个随机矩阵的热图。我无法解释绘图左上角的颜色键和直方图。

library("gplots")
library("RColorBrewer")
m<-matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colors <- colorRampPalette( rev(brewer.pal(11, "RdYlGn")) )(255)
heatmap.2(m, col=colors, trace="none", Rowv=FALSE)

颜色键和直方图中的 x 和 y 轴是什么意思？

另外，我注意到我可以使用scale参数来缩放数据行或列。例如：

heatmap.2(m, col=colors, scale="row", trace="none", Rowv=FALSE)

我将能够得到：

我应该如何解释行 z 分数？

谢谢大家！

Answer 1

它只是矩阵中所有值的直方图m（值与频率）以及它们如何对应于指定的热图颜色范围。使用该scale参数，您已将每个值转换m为行 Z 分数，或高于或低于其行平均值的标准差数。这给出了以色标中点为中心的分布，因此热图具有更大的对比度并且更易于解释。

要检查您的热图是否提供最佳细节和可解释性，您可以打开trace并检查线条是否位于相当比例的瓷砖的顶部和底部（或最左侧和最右侧）。