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我的问题是如何在编写 HDF5 文件后无限期关闭它们？

我正在尝试将数据保存到 HDF5 文件 - 大约有 200 个文件夹，每个文件夹包含今年每天的一些数据。

当我在 iPython 控制台中使用带有以下代码的 pandas 检索和保存数据HDFStore时，该功能会在一段时间后自动停止（没有错误消息）。

import pandas as pd

data = ... # in format as pd.DataFrame
# Method 1
data.to_hdf('D:/file_001/2016-01-01.h5', 'type_1')
# Method 2
with pd.HDFStore('D:/file_001/2016-01-01.h5', 'a') as hf:
    hf['type_1'] = data

当我尝试使用相同的脚本再次下载数据时，它显示：

[Errno 24] 打开的文件太多：...

有一些帖子建议在 Linux 中使用ulimit -n 1200来解决这个问题，但不幸的是我使用的是 Windows。

此外，我想我已经使用 withclosure 明确地关闭了文件，尤其是在Method 2中。为什么 iPython 仍然将这些文件视为打开的？

我的循环如下所示：

univ = pd.read_excel(univ_file, univ_tab)
for dt in pd.DatetimeIndex(start=start_date, end=end_date, freq='B'):
    for t in univ:
        data = download_data(t, dt)
        with pd.HDFStore(data_file, 'a') as hf:
            # Use pd.DataFrame([np.nan]) instead of pd.DataFrame() to save space
            hf[typ] = EMPTY_DF if data.shape[0] == 0 else data
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您可以使用模块检查/列出 Windows 中属于 Python 进程的所有打开文件psutil。

演示：

In [52]: [proc.open_files() for proc in psutil.process_iter() if proc.pid == os.getpid()]
Out[52]:
[[popenfile(path='C:\\Windows\\System32\\en-US\\KernelBase.dll.mui', fd=-1),
  popenfile(path='C:\\Users\\Max\\.ipython\\profile_default\\history.sqlite-journal', fd=-1),
  popenfile(path='C:\\Users\\Max\\.ipython\\profile_default\\history.sqlite', fd=-1)]]

完成以下块后，文件处理程序将立即关闭：

In [53]: with pd.HDFStore('d:/temp/1.h5', 'a') as hf:
   ....:     hf['df2'] = df
   ....:

证明：

In [54]: [proc.open_files() for proc in psutil.process_iter() if proc.pid == os.getpid()]
Out[54]:
[[popenfile(path='C:\\Windows\\System32\\en-US\\KernelBase.dll.mui', fd=-1),
  popenfile(path='C:\\Users\\Max\\.ipython\\profile_default\\history.sqlite', fd=-1)]]

检查是否psutil正常工作（注意D:\\temp\\aaa）：

In [55]: fd = open('d:/temp/aaa', 'w')

In [56]: [proc.open_files() for proc in psutil.process_iter() if proc.pid == os.getpid()]
Out[56]:
[[popenfile(path='C:\\Windows\\System32\\en-US\\KernelBase.dll.mui', fd=-1),
  popenfile(path='D:\\temp\\aaa', fd=-1),
  popenfile(path='C:\\Users\\Max\\.ipython\\profile_default\\history.sqlite', fd=-1)]]

In [57]: fd.close()

In [58]: [proc.open_files() for proc in psutil.process_iter() if proc.pid == os.getpid()]
Out[58]:
[[popenfile(path='C:\\Windows\\System32\\en-US\\KernelBase.dll.mui', fd=-1),
  popenfile(path='C:\\Users\\Max\\.ipython\\profile_default\\history.sqlite', fd=-1)]]

因此，使用这种技术，您可以调试代码并找到在您的情况下打开文件的数量变得疯狂的地方

于 2016-08-17T20:41:26.013 回答