java - 管道 zcat 标准输入到需要多个输入的 java 程序中

Question

我有一个 gzipped 文件太大而无法解压缩和保存。我希望使用 zcat 将其解压缩并将其输入到一个接受多个输入的 java 程序中。该程序具有以下格式：

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V data.vcf

-V 之后的位置应该是 gzip 压缩文件的输入。我试过类似的东西：

zcat data.vcf.gz | java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V 

但这不起作用。我该如何解决这个问题？