bioinformatics - 无法识别的选项：我 picard.jar

Question

我正在尝试使用 picard.jar 将 BMA 文件转换为 FASTQ 格式。这是我的命令：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

但是我收到了这个错误信息：

错误：无法识别的选项：我

我完全糊涂了，有什么想法吗？

Answer 1

删除反斜杠

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq  I=chr2chr3.bam  FASTQ=chr2chr3.f1.fastq  SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

笔记：

• 你可以压缩fastqs，忽略BAM中的小错误

  java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I=chr2chr3.bam FASTQ=chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

• 对于生物信息学问题，您最好询问https://www.biostars.org/或http://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

Answer 2

尝试：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq