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似乎是一个简单的问题：我有一个来自 pubmed 的 medline xml 格式的汇编参考书目。这与 pandoc-citeproc 配合得很好，可以格式化引文并在文档末尾生成参考列表。我现在想整合我正在使用的 R 包中的引用，并在 pandoc 中生成一个统一的参考书目（通过 pandoc-citeproc）。

pandoc-citeproc 将从我的 medline xml 编写 yaml 和 json 参考书目。在运行 pandoc 之前，我可以（可能是手动）合并 R 和 medline 引用。但是我在 citation() 和 pandoc-citeproc 中看不到任何可以转换为 medline 和 citation() 输出为可用于创建统一参考书目的通用格式的内容。

感谢您的任何指示。

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  1. 我使用 bibtex 包将 R 引用写入文件

    library(ggplot2)
library(plyr)
library(limma)
library(bibtex)
write.bib( c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib" )

  2. pandoc 接受多个 --bibliography 参数。重要的是，如果书目文件名后缀被识别，您可以使用不同的书目格式（.medline 是 ncbi 的 xml 格式）并且 pandoc 似乎将所有内容放在一起：

    pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx
于 2016-07-16T18:32:00.703 回答