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我正在尝试编写一个基本的 dna 测序仪。在那里，给定两个长度相同的序列，它将输出相同的字符串，最小长度为 3。所以输入

abcdef dfeabc

将返回

1 abc

我不知道如何解决这个问题。我可以比较两个字符串，看看它们是否完全相等。从那里，我可以比较长度为 1 的字符串大小，即 if dfeabccontains abcde。但是，我怎样才能让程序执行所有可能的字符串，最小为 3 个字符？一个问题是对于上述长度为 1 的示例，我还必须执行字符串 bcdef 并进行比较。

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天真的方法是获取字符串 A 的每个子字符串并查看它是否在字符串 B 中。

这是这样做的天真的方法：

for ( int i = 0; i < a.length; i++ ) {
   for ( int j = i+1; j <= a.length; j++ ) {
       if (b.contains(a.substring(i, j))) {
           //if longer than last found match, record this match
       }
   }
}

稍微更优化的方法是首先查看较长的子字符串，以便匹配的第一个子字符串必然是最长的。

for ( int length = a.length; length > 0; length-- ) {
     for ( int i = 0; i + length < a.length; i++ ) {
         if ( b.contains(a.substring(i, i+length)) ) {
             //this is the biggest match
         }
     }
}
于 2010-09-29T19:31:18.633 回答
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如果你想以一种简单的方式解决这个问题，而不使用任何 Java API 进行搜索，你可以这样想：对于第一个字符串中的每一对可能的起始索引 i 和第二个字符串中的 j，都向前迈进而第一个和第二个字符串中的对应字符相等，并且如果您至少执行了 3 个步骤，则返回结果。

于 2010-09-29T19:32:57.090 回答
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您需要使用最长公共子串算法，这是一个动态规划问题。查看 Wikipedia 的条目以获取算法的解释，并在此处查看示例实现。

于 2010-09-29T19:55:23.180 回答