在 shell 脚本中进行命令替换时遇到一些问题。我之前在另一个系统上使用过这个脚本，所以不确定这里发生了什么。似乎无论我如何附上设置变量的命令，我都会得到一个空变量。我尝试了许多不同的方法来将它们括起来（$()、反引号、引号）。如果有帮助，我正在尝试提交一个数组作业。
#!/bin/bash
#BSUB -q shared
#BSUB -W 23:55
#BSUB -M 51200
#BSUB -J windowCovR1
#BSUB -R "span[hosts=1]"
mem=$LSB_JOBINDEX
sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'`
eval ${sample}
echo ${sample}
$mem设置正确，与sample线路有关。该echo命令打印一个空行。
由于您使用的是$LSB_JOBINDEX，因此您可能需要一个数组作业。作业名称应包含数组的开始和结束参数。例如，
#BSUB -J windowCovR1[1-100]
这假定文件中有 100 个命令行bednames.txt。没有数组边界，$LSB_JOBINDEX将始终为零。 head -n 0将给出空字符串。
我尝试了这个简单的例子，它对我来说没问题。
[mclosson@host ~]$ cat tmp.sh
#!/bin/bash
#BSUB -q normal
#BSUB -W 23:55
#BSUB -M 10
#BSUB -J windowCovR1[1-2]
#BSUB -R "span[hosts=1]"
mem=$LSB_JOBINDEX
echo "$$ mem $mem" >> /tmp/LOG
sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'`
echo "$$ ${sample}" >> /tmp/LOG
[mclosson@host ~]$ cat bednames.txt
line11 line12
line21 line22
[mclosson@host ~]$ bsub < tmp.sh
Job <805> is submitted to queue <normal>.
[mclosson@host ~]$ cat /tmp/LOG
7979 mem 1
7979 line12
7991 mem 2
7991 line22
另一个小点。如果这不是并行作业，则-R "span[hosts=1]"不需要。
您“尝试[ing]反引号”的方法似乎不正确。
如果替换的结果为空，那是因为那是变量的值。您是否尝试过调试其输出通过终端设置该变量的命令？
您分配样本值的命令是正确的。在命令行上也为我工作。但是，您在 shell 脚本中使用的是相同的。因此，为此尝试使用以下内容：-
样品=head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print \$2}'
\ 在 2 美元之前。当您在不使用 \ 的情况下使用时，脚本可能会检查第二个命令行参数。