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为 R 使用替代 BLAS 有几个优点，请参见例如https://cran.r-project.org/web/packages/gcbd/vignettes/gcbd.pdf。

Microsoft R Open https://mran.revolutionanalytics.com/documents/rro/installation/#sysreq正在使用英特尔的 MKL 而不是默认的参考 BLAS 来加速计算。

我的问题是：

将英特尔的 MKL 库**手动链接到 R** 在 Windows 上的最新版本（https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ ）的确切步骤是什么？

更新 20-07-2016： 这里是关于如何为 R ≥ 3.3.0 为 Windows 的 64 位 R 构建基于 OpenBLAS 的 Rblas.dll 的非常详细的描述：http ://www.avrahamadler.com/r-tips /build-openblas-for-windows-r64/

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比在 Windows 上针对英特尔 MKL 库重新编译 R 更简单的解决方案就是

  1. 从https://mran.microsoft.com/download安装 Microsoft R Open ，它带有过时的 R 版本 3.5.3，但也带有英特尔 MKL 多线程 BLAS 库
  2. 从https://cran.r-project.org/bin/windows/base/安装最新版本的 R ，即当前为 R 3.6.2
  3. 将文件 libiomp5md.dll、Rblas.dll 和 Rlapack.dll 从 C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.3\bin\x64 复制到 C:\Program Files\R\R-3.6.2\bin \x64（如果您愿意，可以先备份现有的默认非超线程 Rblas.dll 和 Rlapack.dll 文件）
  4. 将 Microsoft R Open 库/包 MicrosoftR、RevoIOQ、RevoMods、RevoUtils、RevoUtilsMath 和 doParallel 从 C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.5\library 复制到您的默认包目录，例如 C:\Documents\R \win库\3.6
  5. 将文件 Rprofile.site 和 Renviron.site 从目录 C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.5\etc 复制到 C:\Progral Files\R\R-3.6.2\etc
  6. 将文件 Rprofile.site 中的第 24 行替换options(repos=r)为 options(repos="https://cran.rstudio.com")（或您最喜欢的 CRAN 存储库 - 您也可以使用“ https://cran.revolutionanalytics.com ”，具有所有包的最新每日构建的 MRO 存储库）以确保它将安装最新的 CRAN 包，而不是过时的 mran.microsoft.com 镜像，该镜像具有过时的包版本，在 2019 年 4 月 15 日冻结。还用 # 注释掉第 153、154 和 155 行

然后重新启动 RStudio 以检查它是否工作，在我的 Intel Core i7-4700HQ 2.4GHz 4 核/8 线程笔记本电脑上使用小型 SVD 基准测试：

getMKLthreads()
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# Singular Value Decomposition
m <- 10000
n <- 2000
A <- matrix (runif (m*n),m,n)
system.time (S <- svd (A,nu=0,nv=0))
   user  system elapsed 
  15.20    0.64    4.17

没有安装英特尔 MKL 的相同基准测试运行在

   user  system elapsed 
  35.11    0.10   35.21

所以我们在这里获得了 >8 倍的速度提升！

启动并运行英特尔 MKL 的 Microsoft R Open 6.2 屏幕截图：

在此处输入图像描述

或者，如果您不喜欢将文件从 MRO 复制到最新的 R 安装，您也可以将文件从免费的英特尔 MKL 安装复制到您的 R 安装，以获得多线程操作（如下面的另一个答案中所述）：

  1. 从https://software.intel.com/en-us/mkl/choose-download安装英特尔 MKL （免费）

复制这些文件夹中的所有内容

C:\Program Files (x86)\IntelSWTools\compilers_and_libraries\windows\redist\intel64\mkl
C:\Program Files (x86)\IntelSWTools\compilers_and_libraries\windows\redist\intel64\compiler

至

C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\x64
  1. 在目标文件夹中，创建 mkl_rt.dll 的 2 个副本并将其中一个重命名为 Rblas.dll，另一个 Rlapack.dll 替换原始文件并保留 mkl_rt.dll。
  2. 这不会为您提供函数 setMKLthreads() 和 getMKLthreads() 函数，但可以设置英特尔 MKL 线程的 nr，因为这些是 MRO 包 RevoUtilsMath 附带的。但是对于大多数人来说，默认线程数设置等于物理内核数就可以了……

不知道微软怎么了，为什么他们不再更新 MRO ......以及为什么他们也放弃了对 Mac OS X 的支持......

我希望，鉴于英特尔 MKL 现在是免费的，R 内核的人迟早会提供一个预编译的 R 版本，该版本被编译为使用英特尔 MKL 库，或者可能在运行时检测是否安装了英特尔 MKL，如果它是，使用它。我认为这很重要，特别是因为一个好的多线程 BLAS 的易用性也决定了一个人将如何开发包 - 例如，如果一个好的多线程 BLAS 可用于所有操作系统，那么一个人会转向使用 RcppArmadillo，它依赖于任何一个 BLAS已安装（但在 Windows 上，如果未安装 Intel MKL，时间会大大降低），如果没有，RcppEigen 将是最好的选择，因为它有自己的多线程矩阵代数，与编译 R 的 BLAS 无关...... ...

在 Ubuntu 上，很容易让 R 使用 Intel MKL，而无需重新编译 R，如下所述：https ://github.com/eddelbuettel/mkl4deb

PS 轻微的问题是运行 setMKLthreads(4) 会导致 RStudio 崩溃（虽然这在官方 MRO 3.5.3 中已经是一个问题）但它在 R 控制台中确实可以正常工作......

于 2017-03-17T10:11:34.993 回答
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我能够将 R 3.6.0 与您使用builder创建的自定义 dll 链接起来。基本上你必须导出相同的符号Rblas.dll然后Rlapack.dll做。启动Compiler 19.0 Update 4 for Intel 64 Visual Studio 2017 environment命令提示符：

获取符号：

dumpbin /exports Rblas.dll > Rblas_list
dumpbin /exports Rlapack.dll > Rlapack_list_R

编辑删除“页眉”和“页脚”的两个文件，并使所有带有符号名称的行（例如：）248 F7 00138CE0 dgeevx_都像dgeevx_（仅带有名称）。将builder目录复制到您电脑中的某个位置并在其中运行：

# blas links fine
nmake libintel64 export=..path..\Rblas_list name=Rblas 
# save lapack errors in another list
nmake libintel64 export=..path..\Rlapack_list_R name=Rlapack 1> undefined_symbols_list

编辑undefined_symbols_list仅保留每行中的名称并创建一个具有差异的新列表

findstr /v /g:undefined_symbols_list Rlapack_list_R > Rlapack_list
nmake libintel64 export=..path..\Rlapack_list name=Rlapack

使用dumpbin /dependents Rlapack.dll，您可以看到它们依赖于libiomp5md.dll，您可以redist在 mkl 安装的文件夹中找到它。

方法二

此方法使用更多磁盘空间，但更简单。复制这些文件夹中的所有内容

C:\Program Files (x86)\IntelSWTools\compilers_and_libraries\windows\redist\intel64\mkl
C:\Program Files (x86)\IntelSWTools\compilers_and_libraries\windows\redist\intel64\compiler

至

C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\x64

在目标文件夹中，创建 2 个副本mkl_rt.dll并重命名其中一个，Rblas.dll另一个Rlapack.dll替换原件并保留mkl_rt.dll.

于 2019-06-12T11:14:51.143 回答
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刚刚尝试安装 R 3.5.1。我将 Microsoft R Open 与 CRAN R 一起安装并复制 libiomp5md.dll 并从 MRO MKL 对应项覆盖 Rblas.dll、Rlapack.dll 以链接到 Windows 上的 CRAN R（类似于上面的另一个答案，但需要复制文件 libiomp5md.dll以及）。根据 Github 上的 version.compare 包（ https://github.com/andrie/version.compare），这很好，CRAN R 的运行速度与 MRO 一样快

于 2018-12-28T04:07:27.853 回答