r - 如何在 igraph 中绘制 Motifs？

Question

我使用 igraph 包来获取蛋白质-蛋白质相互作用网络中的图案，它有一个矢量输出，但我需要绘制或绘制图案，图案的图形。

R中的代码：

 motifs(graph_object, size = 3)

输出：

1无 无 5 3

如何获得 R 和 igraph 中的图案图？我们有四个主题吗？

注意：这个问题不同于How to mine for motifs in R with iGraph

Answer 1

将您要搜索的主题构建为“模板图”（例如，创建一个三角形图），然后使用subgraph_isomorphisms从您的蛋白质-蛋白质相互作用网络的顶点中查找模板图顶点的所有映射，并induced_subgraph结合lapply将映射列表转换为实际的主题。例子：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifs然后将是一个图表列表，您可以使用plot().