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我想在 Jupyter 笔记本中安装 R 的bioconductor rain 包。

我无法按照上面链接的网站上给出的说明在 Jupyter 笔记本中安装此软件包 - 在 R Jupiter 笔记本中：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rain")

我收到以下错误：

Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status

我能够使用以下命令行在Jupyter ( DESeq2 ) 中安装不同的生物导体包：

conda install bioconductor-deseq2

但是这种方法对rain包不起作用，因为与deseq2不同，rain不在anaconda cloud上。

是否可以在 Jupyter 的蟒蛇云（如雨包）上安装生物导体包，如果可以，如何安装？

谢谢！

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我找到了解决我的问题的方法。安装 IRkernel 有两种方法：1）使用 CRAN+Github（说明：http://irkernel.github.io/ ）和 2）作为名为 r-irkernel 的 conda 包。我使用的后一种方法是安装并运行 conda 自己的 R 版本，就可以安装的包而言，它的功能更加有限。而 CRAN+Github 方法允许 Jupyter 使用已经安装在您计算机上的 R 版本以及它可以运行的任何包。

于 2016-07-26T02:06:51.317 回答