我有大约 3,500 个作业正在运行Beagle以使用bsub. 由于我使用的服务器在公平共享排队系统上运行，因此我不愿意通过单独运行每个作业来降低排队优先级。
因此，我试图在单个命令中使用 for 循环来运行我的bsub命令...
cbsub -G cichlid -e beagle_e_%J -o beagle_o_%J
-R'select[mem>10000] rusage[mem=10000]' -M10000 -n 8 -q long sh -c
'for sc in {014444451..014448004}; do
/nfs/users/nfs_m/mm21/programs/jre1.7.0_71/bin/java -Xmx10000m -jar
/nfs/users/nfs_m/mm21/programs/beagle4.0/beagle.r1398.jar
gl=Passed_filtered_snps_round2_per_scaff/NW_${sc}_2.vcf nthreads=8
ibd=true ibdtrim=200 phase-its=8 impute-its=8
out=Passed_filtered_snps_round2_per_scaff/beagle_output_NW_${sc};done'
...但我刚刚收到错误消息：
意外标记“do”附近的语法错误
我听说过 blaunch 命令，据我所知，它会接受每项工作并在一个工作 ID 下提交它们，但我无法弄清楚如何将它集成到我的命令中而不会收到相同的错误消息。据我所知，它应该在 for 循环之前插入。
有没有人能告诉我我的语法哪里出了问题，或者建议在一个作业 ID 下提交批处理任务的替代方法？
非常感谢，
伊恩