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我有一个看起来像这样的数据框：

days <- c(1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,4,4,4,4,4,4,5,5,5,5,5,5,6,6,6,6,6,6,7,7,7,7,7,7)
values <- c(3,4,5,6,7,8,1,4,5,9,9,10,3,4,7,7,7,10,4,6,6,8,9,9,1,1,2,3,3,6,2,2,3,5,6,6,6,7,7,8,9,9)

df <- data.frame(days,values)

为了识别数据中的信号，我决定应用一个简单的loess平滑：

loess <- loess(df$values~df$days, span=1)
pred <- predict(loess, loess$x, se=TRUE)

plot(days,values)

lines(loess$x, loess$fitted, col="red", lwd=1.5)

lines(loess$x,pred$fit - qt(0.975,pred$df)*pred$se, lty="dashed", col="blue", lwd=1)
lines(loess$x,pred$fit + qt(0.975,pred$df)*pred$se, lty="dashed", col="blue", lwd=1)

结果（包括置信区间）如下所示： df_loess_95ci

例如，我看到第 3 天的值比第 5 天更高，但这种差异显着吗？我应该比较每天的置信区间（在这种情况下，重叠），还是应该基于黄土曲线与 CI 的解释（例如，在第 3 天，曲线在第 5 天的置信区间之外）？

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您在这里误解了置信区间。对于类型的回归问题：

observations = signal + noise

我们经常为估计的信号生成逐点置信区间。这种约定包括线性模型、广义线性模型、非参数回归等。

逐点置信区间易于计算，可帮助您评估每个点的估计值的可变性，但您无法进行交叉比较。在您的情况下，每天的逐点置信带重叠并不意味着它们之间没有统计差异。

如果你真的想测试不同天的观测值是否存在显着差异，例如测试第3天和第5天是否有显着差异，你应该做t检验：

day3 <- df$values[df$days == 3]
day5 <- df$values[df$days == 5]
## test whether two group have the same mean, i.e., mean difference = 0
t.test(day3, day5, mu = 0)$p.value
## 0.0177

现在，您可以看到第 5 天和第 3 天在 0.05 显着性水平上具有统计差异。

一般来说，你应该做成对的 t-test：

pairwise.t.test(df$values, df$days, p.adjust.method = "none", pool.sd = FALSE)

#    Pairwise comparisons using t tests with non-pooled SD 

# data:  df$values and df$days 

#   1       2       3       4       5       6      
# 2 0.62614 -       -       -       -       -      
# 3 0.52954 1.00000 -       -       -       -      
# 4 0.20951 0.69979 0.62189 -       -       -      
# 5 0.02519 0.05772 0.01775 0.00307 -       -      
# 6 0.19799 0.19597 0.10104 0.02372 0.24736 -      
# 7 0.04247 0.41763 0.27750 0.50416 0.00044 0.00355

# P value adjustment method: none

注意pairwist.t.test这里的使用：

  • 通过设置pool.sd = FALSE，没有为所有组估计共同的标准误差；
  • 通过设置，不调整p.adjust.method = "none"返回的原始 p 值。t.test

通过这种方式，您可以看到 p 值(5,3)与我们在之前的 t 检验中看到的相匹配。

您的数据具有相关值，因此您很幸运。对于实时序列，您每天都没有重复；在这种情况下，您无需进行成对 t 检验。

于 2016-06-23T11:12:03.400 回答
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我认为这个问题可能更适合https://stats.stackexchange.com/

不过，要回答您的问题，您希望比较 CI，就像您比较两个不在时间序列中的估计值一样。

NB 重叠置信区间并不一定意味着没有显着差异。

于 2016-06-23T09:54:53.730 回答