1

我已经在 Internet 和手册中搜索了一些性能调整功能，以减少我的 deBruijn Graph 与 OrientDB 的构建时间。以下所有内容都是用 Java 编写的。

在 OrientDB： Kmers被索引。 边缘是基于属性的。

我想做的是：

  1. 读入多序列文件
  2. kmers 中的拆分序列
  3. 将 Kmers 添加到数据库并在相邻 kmers 之间创建边缘

一二已经做好了。所以当我向 OrientDB 添加一个 kmer 时，我必须检查这个 kmer 是否存在，如果存在，我需要 vertx 来添加一个 nwe 边缘。有什么快速的方法吗？我已经创建了一个本地散列，其中 kmer 作为键，OrientDB RID 作为值。但是获取顶点似乎需要很多时间。

我已经尝试过：

OGlobalConfiguration.USE_WAL.setValue(false);
OGlobalConfiguration.TX_USE_LOG.setValue(false);
declareIntent(new OIntentMassiveInsert());

我需要将近 3 个小时来添加 256 kmers 和 40.000.000 个边。此外，创建的 DB 大小为 9GB，起始文件为 40 MB。有什么建议可以改进吗？

如果有什么不能理解的，请随时询问。

非常感谢。

迈克尔

编辑：

你对Record Grow factor有什么经验吗？我认为节点记录默认包含一些进出边缘信息。我可以使用 RECORD_GROW_FACTOR 增加运行时间吗？你有这方面的经验吗？

4

0 回答 0