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我想在我的包中包含mice::mice 函数来对我的数据执行插补。

我使用 Roxygen 列出进口

#' @param data dataset to be used for imputation
#' @importFrom dplyr select_
#' @importFrom mice mice complete
#' @return A list
#' @export
#' 
impute_data <- function(data, vars, seed)
{
     data_used <- select_(data,vars)
     mice_data <- complete(mice(data_used, seed = seed))
     return(mice_data)
}

这个函数在我测试代码时工作正常，但是当我构建包并尝试使用它时，我收到以下错误

Error in check.method(setup, data) : 
  The following functions were not found: mice.impute.pmm,mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm, mice.impute.pmm

我试图将错误中提到的所有功能添加到导入中，但它对结果没有任何影响。

我错过了什么？我从来没有发现过这样的问题。

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2 回答 2

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您好，即使帖子较旧，

最近，我遇到了同样的问题，Erdogan CEVHER 和 mickkk 提出的解决方案对我不起作用。我通过主动加载mice包解决了这个问题，同时加载了我自己的包。有关更多详细信息，请参阅R-Package-Dependencies。

除了包开发过程中需要的步骤，这里是我推荐的：

第 1 部分：将鼠标添加到包的说明文件中的Depends:( not Import: ) 字段。

Depends: mice (>= VERSIONNUMBER)

第 2 部分：import(mice)在 NAMESPACE 中使用（仅适用于devtools::check()）

import(mice)

第 3 部分：mice::例如，使用 引用每个函数

mice::mice(data, method="pmm")
于 2017-11-28T07:07:56.627 回答
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您忘记处理DESCRIPTION文件！您只处理 impute_data.R。

你的问题很相似： 当我在我的函数中使用另一个包的函数时，我应该放什么 roxygen

我在那里给出了答案（请在发布任何问题之前搜索类似的问题）。对于您的情况：

首先，了解你的

sessionInfo() 
getwd() # your R's working directory
.libPaths() # your R's library location

Step0下载并安装必要的包：

library(roxygen2)
library(devtools)
library(digest)

Step1将所有相关的“.R”文件（yourfunction1.R、yourfunction2.R、yourfunction3.R、impute_data.R）放入 R 的工作目录。

步骤 2在 R 的工作目录中创建包骨架：在运行以下命令之前，确保 R 的工作目录中没有名为“yourpackage”的文件夹。（来自 R 的控制台）

package.skeleton(name = "yourpackage", code_files = c("yourfunction1.R", "yourfunction2.R", "yourfunction3.R", "impute_data.R"), path = ".")

运行后package.skeleton，文件夹 yourpackage 会在 R 的工作目录中创建。

Read-and-delete-me从 Windows 资源管理器中删除文件。
删除 YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中的“yourpackage-package.Rd”文件
（不要删除 YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中的“yourpackage.Rd”文件！）

步骤 3在“.R”文件 (impute_data.R) 的序言​​末尾，输入以下内容（如果您在步骤 1 中没有这样做）：

#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice complete
#' @export
impute_data <- function(...) {...

Step4在DESCRIPTION你的包的文件中，在Imports部分中，添加：

Imports:
    mice(>= VersionNumber)

其中 VersionNumber 是您正在使用的鼠标包的版本号。您可以通过在 RevolutionREnterprise 的对象浏览器中右键单击任何函数（来自 yourpackage）找到版本号；并进入生成的 .html 帮助文件的底部。在那里，显示了包的版本号。

在 Step2 中，package.skeleton 自动生成了一个 NAMESPACE 文件，其内容为：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")

不要手动处理此 NAMESPACE 文件。

Step5 roxygenize 你想要创建的包（“yourpackage”）

library(roxygen2)
roxygenize("yourpackage")

在 roxygenization 时，您的包的 NAMESPACE 文件的内容会自动转换exportPattern("^[[:alpha:]]+")为

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(impute_data)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,complete)

Step6构建你的包：（
首先，从 Windows 资源管理器中删除 YourR'sWorkingDirectoryFolder\yourpackage 文件夹中的 "src-i386" 和 "src-x64" 文件夹（如果有的话））
（再次确保没有 "yourpackage-package.Rd " YourR'sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹中的文件。如果有，请在构建之前将其删除）

build("yourpackage")

Step7安装你的包：

install("yourpackage")

Step8通过加载你的包并在包中运行一个函数来检查一切是否顺利。

library(yourpackage)
impute_data(a,b,1235) # "impute_data" is the function in the package "yourpackage"

第 9 步检查您的包是否可加载到 CRAN（综合 R 归档网络）（如果您想共享您的包）：

（首先，从 Windows 资源管理器中删除 YourR'sWorkingDirectoryFolder\yourpackage 文件夹中的“src-i386”和“src-x64”文件夹（如果有））
（再次确保 YourR' 中没有“yourpackage-package.Rd”文件sWorkingDirectory\yourpackage\man 文件夹。如果有，删除前检查）

从 DOS 命令提示符：
开始 - cmd - 回车。传递到 R 的工作目录（您的 R 的工作目录通过 getwd() 知道）并进行 CRAN 检查：

cd C:\Users\User\Documents\Revolution
R CMD check yourpackage

从 R 的控制台：

devtools::check("C:/Users/User/Documents/Revolution/yourpackage")
于 2016-06-02T08:03:15.387 回答