您的问题并非特定于“Tweedie”系列;这是模型选择中的一般mgcv
特征。
mgcv
不step.gam
用于模型选择。我认为您的困惑来自另一个包gam
,它将用于step.gam
顺序添加/删除一个术语并报告 AIC。当你进去?step.gam
的时候mgcv
,它指的是你?gam.selection
。?step.gam
故意留在那里,以防人们搜索它。但所有细节都在?gam.selection
.
没有必要step.gam
在mgcv
. 模型估计和模型选择集成在mgcv
. 对于惩罚回归/平滑样条曲线,当平滑参数趋于无穷大(非常大)时,其二阶导数被惩罚为零,留下一个简单的线性项。例如,如果我们指定一个模型,如:
y ~ s(x1, bs = 'cr') + s(x2, bs = 'cr')
whiles(x2)
是一个虚假的模型项,不应包含在模型中,然后mgcv:::gam/bam
会缩小s(x2)
到x2
估计后,从而产生如下模型:
y ~ s(x1) + x2
这意味着,当您用于plot.gam()
检查每个模型项的估计平滑函数时,s(x1)
它是一条曲线,但却s(x2)
是一条直线。
现在这并不完全令人满意。对于一个完整的、成功的模型选择,我们也想下降x2
,即缩小s(x2)
到 0,以获得符号上的模型:
y ~ s(x1)
但这并不难实现。我们可以使用收缩平滑类bs = 'ts'
(收缩薄板回归样条,相对于普通的tp
)或bs = cs'
(收缩三次回归样条,相对于普通的'cr'),并且mgcv:::gam/bam
应该能够收缩s(x2)
到0。这背后的数学,就是mgcv
将线性项(即零空间)的特征值从0修改为0.1,一个很小但为正的数字,以便对线性项进行惩罚。结果,当你这样做时plot.gam()
,你会看到s(x2)
0 处的水平线。
bs = 'cs'
或者bs = 'ts'
应该投入使用s()
;还mgcv
可以让你离开bs = 'cr'
或bs = 'tp'
原封不动地放入s()
,而select = TRUE
放入gam()
或bam()
。是一种更通用的select = TRUE
处理方法,因为收缩平滑目前只有 classcs
和ts
,而select = TRUE
适用于所有类型的平滑规范。它们基本上做同样的事情,将 0 特征值增加到 0.1。
以下示例取自 下的示例?gam.selection
。请注意如何select = TRUE
将几个项缩小到 0,从而提供信息丰富的模型选择。
library(mgcv)
set.seed(3);n<-200
dat <- gamSim(1,n=n,scale=.15,dist="poisson") ## simulate data
dat$x4 <- runif(n, 0, 1);dat$x5 <- runif(n, 0, 1) ## spurious
b <- gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3)+s(x4)+s(x5),data=dat,
family=poisson,select=TRUE,method="REML")
summary(b)
plot.gam(b,pages=1)
请注意,p-values
insummary.gam()
也为这种选择提供了证据:
Approximate significance of smooth terms:
edf Ref.df Chi.sq p-value
s(x0) 1.7655119 9 5.264 0.0397 *
s(x1) 1.9271039 9 65.356 <2e-16 ***
s(x2) 6.1351372 9 156.204 <2e-16 ***
s(x3) 0.0002618 9 0.000 0.4088
s(x4) 0.0002766 9 0.000 1.0000
s(x5) 0.1757146 9 0.195 0.2963
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
R-sq.(adj) = 0.545 Deviance explained = 51.6%
-REML = 430.78 Scale est. = 1 n = 200