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我想将一个 IPython 笔记本与一些 shell 命令及其输入放在一起。在 bash 提示符下，我可以使用“here-document”语法：

bash-3.2$ mysql -u root <<END_IPUT
> use mydb;
> show tables;
> END_INPUT

如何在 IPython 中，特别是在 jupyter 笔记本中获得相同的效果？我知道如何将 shell 命令作为 IPython 执行为“line magics”或“cell magics”，例如：

In [7]:  !! ls -tF
Out[7]:  ['Demo-notebook.ipynb',
          'createdb.sql',
          ...

我将IPython 视为一个系统外壳，它展示了如何启用一些语法细节。在以下之后，我可以运行系统命令而无需预先!或!! 

# Turn everything in $PATH into an alias; 
# then enable calling aliases without ! or %
%rehashx      
%autocall 2

但是这些都无助于为这些命令提供内联输入：here-document 语法在 IPython 中无效，并导致 python SyntaxError. 那么我该怎么做呢？

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2 回答 2

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bash 单元魔术允许您输入多行 bash。只需使用以下命令开始任何单元格%%bash：

%%bash
echo "This is bash"
ls

如果您使用 heredoc 将文本通过管道传输到另一个程序，您还可以使用脚本单元魔术：

%%script bc
2+3

可能还有其他细胞魔法可以更具体地解决您的问题！

于 2016-05-18T08:37:47.030 回答
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通过更多的研究，并在@ThomasK 的提示（见接受的答案）的帮助下，我找到了几种方法来做到这一点。

  • 一种解决方法是细胞魔法%sx。它将单元格内容作为 bash 脚本执行，并捕获并以行列表的形式返回输出。有时方便，有时不方便。

    In[1]:  %%sx
        echo Hello, world
        cat -n <<DATA
        this
        and that
        DATA

Out[1]: ['Hello, world', '     1\tthis', '     2\tand that']

  • %%bash按照建议将其更改为@ThomasK，并打印输出，而不是返回。要捕获它以进行进一步处理，ipython请提供--out参数。但是我需要自己打印它——默认情况下它不会显示出来。

    In[1]:  %%bash --out var
        echo Hello, world
        echo "   Again"

In[2]:  var

Out[2]: 'Hello, world\n   Again\n'

  • %%bash实际上是 的简写%%script bash，被称为“像#!脚本中的行一样”工作（参见 的帮助%%script?）。它确实如此。因此，这里是如何放弃 here-document 语法并让任何程序读取单元格内容作为输入的方法。%%script也接受--out参数。

            %%script --out var mysql -u root -p XYZ
        USE somedb;
        SELECT * FROM users
             WHERE passwd IS NULL\G

这很好，但我最终没有使用它，因为我的用例是mysql，最终我发现有一个很棒的第三方ipython-sql扩展可以用来代替：

%load_ext sql
%sql mysql+pymysql://user:passwd@localhost/somedb

这以安装扩展为前提，带有pip install ipython-sql. 对于mysql，我也需要pip install pymysql。完成上述设置后，我只是像这样与数据库交谈

In[1]:  %%sql 
        SELECT * FROM users
            WHERE passwd IS NULL

Out[1]: 1 rows affected.
        ...

返回的表格实际上被绘制为一个带边框的笔记本表格，这还不错。它以 Pandas 数据框（智能列表）的形式提供，我可以从_.

于 2016-05-18T14:55:06.440 回答