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我有一个名为“my_cube.fits”的带有 WCS 的 FITS 文件。该文件在轴 1 和 2(X 和 Y)上具有空间信息,在轴 3 (Z) 上具有光谱信息。当我使用astropy.io.fits加载它时,光谱轴为 0,空间轴为 1 和 2。文件加载如下:

    import astropy.io.fits as pyfits

    filename = 'my_cube.fits'
    my_data = pyfits.getdata(filename)
    my_header = pyfits.getheader(filename)

我一直在使用 matplotlib 来显示数据,我想知道如何使用它的 WCS 显示我的数据立方体的单个光谱框架。比方说:

    from astropy.wcs import WCS
    from matplotlib import pyplot as plt

    my_wcs = WCS(my_header)
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111, projection=my_wcs)
    ax.imshow(my_data[5, :, :])

    plt.show()

如果我这样做,我有:

    ...
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/matplotlib/figure.py", line 1005, in add_subplot
    a = subplot_class_factory(projection_class)(self, *args, **kwargs)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/matplotlib/axes/_subplots.py", line 73, in __init__
    self._axes_class.__init__(self, fig, self.figbox, **kwargs)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/core.py", line 49, in __init__
    self.patch = self.coords.frame.patch
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/frame.py", line 129, in patch
    self._update_patch_path()
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/frame.py", line 115, in _update_patch_path
    self.update_spines()
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/frame.py", line 192, in update_spines
    self['b'].data = np.array(([xmin, ymin], [xmax, ymin]))
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/frame.py", line 40, in data
    self._world = self.transform.transform(self._data)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/wcsaxes/transforms.py", line 166, in transform
    world = self.wcs.wcs_pix2world(pixel_full, 1)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/astropy/wcs/wcs.py", line 1329, in wcs_pix2world
'output', *args, **kwargs)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/astropy/wcs/wcs.py", line 1231, in _array_converter
    return _return_single_array(xy, origin)
    File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/astropy/wcs/wcs.py", line 1212, in _return_single_array
"of shape (N, {0})".format(self.naxis))
    ValueError: When providing two arguments, the array must be of shape (N, 3)
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您的 WCS 对象包含两个空间轴光谱轴,因为您使用完整标题对其进行了初始化(我假设您的标题还包含光谱 WCS 解决方案)。因此,仅使用空间创建 2D 图是行不通的,因为您对子图的投影是 3D。

我自己没有这样做,也没有示例文件,但是 WCS 文档提到您可以使用子函数,甚至天体函数来获取单个轴或天体(空间)轴;这些函数将返回一个只有这些轴的 WCS 对象。

因此,您可能可以使用以下内容:

my_wcs = WCS(my_header).celestial
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection=my_wcs)
于 2016-05-02T15:16:29.007 回答
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这是一个很好的用例spectral-cube,它有效地包装astropy.io.fits了多维数据集的使用。

wcsaxes假设您已安装,Evert 的解决方案一旦得到纠正,就会起作用。

为此spectral_cube,一个简单的例子是:

cube = SpectralCube.read(filename)
cube[5,:,:].quicklook() # uses aplpy

# using wcsaxes
fig = plt.figure()
ax = fig.add_axes([0.1,0.1,0.8,0.8], projection=cube[5,:,:].wcs)
ax.imshow(cube[5,:,:]) # you may need cube[5,:,:].value depending on mpl version
于 2016-05-03T00:05:22.077 回答