2

AFAIK Mayavi 没有任何感知统一的颜色图。我天真地尝试将Matplotlib 的颜色图之一传递给它,但它失败了:

from mayavi import mlab
import multiprocessing
import matplotlib.pyplot as plt

plasma = plt.get_cmap('plasma')

...
mlab.pipeline.volume(..., colormap=plasma)

TraitError:无法设置“VolumeFactory”对象的未定义“colormap”属性。


编辑:我找到将 Matplotlib 颜色图转换为 Mayavi 颜色图的指南。然而,不幸的是它不起作用,因为我试图使用一个使用感知统一颜色图的卷。

from matplotlib.cm import get_cmap
import numpy as np
from mayavi import mlab

values = np.linspace(0., 1., 256)
lut_dict = {}
lut_dict['plasma'] = get_cmap('plasma')(values.copy())

x, y, z = np.ogrid[-10:10:20j, -10:10:20j, -10:10:20j]
s = np.sin(x*y*z)/(x*y*z)

mlab.pipeline.volume(mlab.pipeline.scalar_field(s), vmin=0, vmax=0.8, colormap=lut_dict['plasma'])  # still getting the same error
mlab.axes()
mlab.show()

...

4

2 回答 2

4

colormap如果将其设置为卷的,而不是将其设置为参数,ColorTransferFunction它会按预期工作。

import numpy as np
from mayavi import mlab
from tvtk.util import ctf
from matplotlib.pyplot import cm

values = np.linspace(0., 1., 256)
x, y, z = np.ogrid[-10:10:20j, -10:10:20j, -10:10:20j]
s = np.sin(x*y*z)/(x*y*z)

volume = mlab.pipeline.volume(mlab.pipeline.scalar_field(s), vmin=0, vmax=0.8)
# save the existing colormap
c = ctf.save_ctfs(volume._volume_property)
# change it with the colors of the new colormap
# in this case 'plasma'
c['rgb']=cm.get_cmap('plasma')(values.copy())
# load the color transfer function to the volume
ctf.load_ctfs(c, volume._volume_property)
# signal for update
volume.update_ctf = True

mlab.show()
于 2018-02-12T21:41:52.893 回答
1

虽然 like444 之前的回答部分帮助我解决了类似的问题,但它导致颜色图之间的转换不正确。这是因为 matplotlib 和 tvtk 存储颜色信息的格式略有不同:Matplotlib 使用 RGBA,而 ColorTransferFunction 使用 VRGB,其中 V 是分配给这部分颜色图的显示数据中的值。因此,通过进行 1 对 1 复制,绿色变为红色,蓝色变为绿色,alpha 变为蓝色。以下代码片段修复了该问题:

def cmap_to_ctf(cmap_name):
    values = list(np.linspace(0, 1, 256))
    cmap = cm.get_cmap(cmap_name)(values)
    transfer_function = ctf.ColorTransferFunction()
    for i, v in enumerate(values):
        transfer_function.add_rgb_point(v, cmap[i, 0], cmap[i, 1], cmap[i, 2])
    return transfer_function
于 2020-12-03T14:05:00.827 回答