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我正在尝试为具有 53 个 obs 的数据框修复 glmm。17 个变量。所有变量都是标准化的,但不遵循正态分布且没有缺失值。数据框的 str() 如下所示。

  • 物种:因子 w/ 19 水平“spp1”,“spp2”,..:5 18 12 15 19 4 6 14 16 5 ...
  • 关联:因子 w/ 4 个级别“assoA”,“assoB”,..:1 1 2 2 2 3 3 4 4 1 ...
  • 站点:因子 w/ 2 个级别 "site1","site2": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
  • obs.no : int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  • 特征1:数字0.652 0.428 0.535 0.389 0.486 ...
  • 特征2:数量 0.135 0.16 0.134 0.142 0.159
  • (剪裁 trait3 到 13)

我执行了以下代码来检查站点之间的重要性以及给定特征的关联类。

model1= glmer(trait1 ~ association+site+ (1 | species),data=df6,family=gaussian)

并收到下面给出的错误。

在 glmer(trait1 ~ association+site+ (1 | species),data=df6, : 不推荐使用 family=gaussian (身份链接) 调用 glmer() 作为 lmer() 的快捷方式;请直接调用 lmer()

在此之后,我想用 Gauss-Hermite 正交估计参数。非常感谢任何修复此错误和执行 Gauss-Hermite 正交的代码的建议。

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您实际上发布了答案。使用 lmer,而不是 glmer:

model1 = lmer(trait1~association+site+(1|species), data=df6)
于 2016-12-21T19:39:09.093 回答