python - 如何使用 biopython 编辑和保存 genbank 文件的序列到新的 genbank 文件？

Question

我有一个错误的 .gbk 文件，并且我有遵循以下格式的更正列表

“核苷酸的地址：正确的核苷酸”

1:T
2:C
4:A
63:A
324:G
etc...

我知道如何打开和解析精确的原始序列

list(SeqIO.parse(sys.argv[1], "genbank"))[0].seq 

我只需要知道如何用我自己的核苷酸校正来替换它。我试过了

seq_records[0].seq = "".join(dna_refseq)

dna_refseq 只是一个构成整个基因组的列表

我在文档或在线的任何地方都找不到这个特定的动作，直观地说，这是 biopython 应该能够做到的。

Answer 1

您正在分配一个字符串，其中需要一个Bio.Seq对象。对我来说，这有效：

from Bio import Seq
from Bio import SeqIO

my_entries = list(SeqIO.parse('my_file.gb', 'genbank'))
my_entry = my_entries[0]

# Make a new Seq object and assing to my_entry.seq. 'TTT' is just an example sequence
my_entry.seq = Seq.Seq('TTT', my_entry.seq.alphabet) 

# Write back to file
SeqIO.write(my_entries, 'my_updated_file.gb', 'genbank')

如果您的 Genbank 文件只有一个条目，您可以考虑使用SeqIO.read：

my_entry = SeqIO.read('my_file.gb', 'genbank')

my_entry.seq = Seq.Seq('TTT', my_entry.seq.alphabet)
SeqIO.write(my_entry, 'my_updated_file.gb', 'genbank')

或者，您可以直接将序列转换为可变序列并直接对其进行操作：

from Bio import SeqIO

my_entry = list(SeqIO.parse('my_file.gb', 'genbank'))[0]
my_entry.seq = my_entry.seq.tomutable()

my_entry.seq[0] = 'T'  # Remember that Genbank position 1 is 0 in seq
my_entry.seq[1] = 'C'
....
SeqIO.write(my_entry, 'my_updated_file.gb', 'genbank')