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我正在尝试对我的非工作 apache spark 和 netlib 设置进行故障排除，但我不知道下一步该做什么。

这里有一些信息：

  • Spark 1.3.1（但也尝试过 1.5.1）
  • 具有 3 个节点的 Mesos 集群

  • 每个节点上的 Ubuntu Trusty 并按照 BLAS 包安装

    $ dpkg -l | grep 'blas\|atlas\|lapack'
ii  libopenblas-base                    0.2.8-6ubuntu1                   amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2

$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3

我已经构建了一个示例 jar 用于测试netlib-java是否可以检测到这个库，代码如下：

object Main extends App {
  println(com.github.fommil.netlib.BLAS.getInstance().getClass().getName())
  println(com.github.fommil.netlib.LAPACK.getInstance().getClass().getName())
}

当我执行此代码时，我得到以下响应：

$ java -jar artifacts/BLAStest-assembly-1.0.jar
Mar 29, 2016 3:43:33 PM com.github.fommil.netlib.BLAS <clinit>
WARNING: Failed to load implementation from: com.github.fommil.netlib.NativeSystemBLAS
Mar 29, 2016 3:43:33 PM com.github.fommil.jni.JniLoader liberalLoad
INFO: successfully loaded /tmp/jniloader6790966128222263615netlib-native_ref-linux-x86_64.so
com.github.fommil.netlib.NativeRefBLAS
Mar 29, 2016 3:43:33 PM com.github.fommil.netlib.LAPACK <clinit>
WARNING: Failed to load implementation from: com.github.fommil.netlib.NativeSystemLAPACK
Mar 29, 2016 3:43:33 PM com.github.fommil.jni.JniLoader load
INFO: already loaded netlib-native_ref-linux-x86_64.so
com.github.fommil.netlib.NativeRefLAPACK

所以它似乎在这里工作得很好。但是 spark 无法检测到库。我已将此 java 依赖项添加到我的程序集 jar

com.github.fommil.netlib:all:1.1.2

另外，如果我尝试用这个包启动一个 spark shell，它也不起作用。

spark-shell --packages com.github.fommil.netlib:all:1.1.2
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看起来您的 netlib-java 实现正在加载 NativeRefBLAS，而不是 NativeSystemBLAS。这意味着您包含“com.github.fommil.netlib:all”工作正常，因为没有它您将使用非本地 F2J 实现。问题是您想使用系统提供的 BLAS (OpenBLAS)，而不是 netlib-java 附带的参考实现。这可能只是在您的 spark 执行器可见的位置获取正确的共享库的问题。

您说您链接了 libblas.so.3，但如netlib-java 自述文件中所述，您还需要配置 libblas.so、liblapack.so 和 liblapack.so.3：

sudo apt-get install libatlas3-base libopenblas-base
sudo update-alternatives --config libblas.so
sudo update-alternatives --config libblas.so.3
sudo update-alternatives --config liblapack.so
sudo update-alternatives --config liblapack.so.3
于 2016-04-19T15:21:49.110 回答