如果我在我的一个存储库中执行此操作：
git subtree pull --prefix=frameworks/AquaticPrime --squash AquaticPrime
我明白了：
Working tree has modifications. Cannot add.
如果我这样做（当然是在同一个地方）：
git status
我明白了：
# On branch master
nothing to commit (working directory clean)
我不太确定这里发生了什么。git status 命令暗示我没有修改，所以我假设 git subtree pull 是指与子树相关的不同分支中的修改，但并不完全清楚。
任何人都可以提供启示吗？
我只是有同样的问题。从 GIT 源代码，当命令返回结果时会引发错误git diff-index HEAD，即使git status说工作树是干净的。
为避免此错误，在我的情况下，我重新检查了工作树的当前分支，一切似乎都正常：git checkout <branch>
这有点困惑，但如果有人能解释为什么......
git reset --hard给我修好了
从git reset --help
--hard 重置索引和工作树。此后对工作树中跟踪文件的任何更改都将被丢弃。
我现在解决了这个问题。在我看来，我的问题是存储库是全新的：我从未向它提交过任何东西。一旦我向 repo 提交了一个文件，我就能够克服这个错误。
但是，使用命令git subtree add C:\gitTest\repos\subA -d --prefix subA我得到了新的错误：
fatal just how do you expect me to merge 0 trees?
搞砸了一分钟后，我发现它需要一个特定的修订版传递给它。所以这个命令似乎成功了：
git subtree add C:\gitTest\repos\subA HEAD -d --prefix subA
显然你不需要 -d 调试标志。
我刚遇到这个问题，当我：
尽管puppet diff- 正确 - 没有显示任何内容，但git diff-index HEAD我刚刚删除的每个文件都列为“已删除” - 即使我从未提交（更不用说推送）任何内容。
我相信，这是 git 中的一个错误（在此处使用 2.7.0）......无论是否存在错误，解决方法是切换到任何其他分支（使用通常的git checkout ....），然后再回到你的分支。希望这对某人有所帮助——即使不是最初的提问者。
I had the exact same error. This was occurring on my feature branch. The fix:
I have no clue why I had to get master and merge to my feature branch, but that solved the issues.
如果您使用的是 Windows，请尝试使用 Git Bash 而不是 PowerShell 或 cmd.exe。这解决了我的问题。
尝试不按此 stackoverflow question--squash中的描述进行拉动。